什么是CytoTRACE CytoTRACE（使用基因計(jì)數(shù)和表達(dá)的細(xì)胞（Cyto）軌跡重建分析）是一種計(jì)算方法，可根據(jù)單細(xì)胞 RNA 測(cè)序數(shù)據(jù)預(yù)...
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CytoTRACE——擬時(shí)軌跡分析
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使用CytoTRACE評(píng)估細(xì)胞干性和分化潛力前言 單細(xì)胞RNA測(cè)序(scRNA-seq)是一種重建細(xì)胞分化軌跡的有效方法，然而要想同時(shí)推斷分化的狀態(tài)與方向是非常具有挑戰(zhàn)性的。過(guò)去我們經(jīng)常使...
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R escape包使用 2021-12-29安裝說(shuō)明 escape是BiocManager中的一個(gè)庫(kù)包，當(dāng)前版本 v1.4.0 (2021-12-29) 只有R 4.0能夠安裝， 由于平時(shí)...
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比對(duì)軟件STAR的使用
在之前的學(xué)習(xí)和練習(xí)里，比對(duì)這一步我使用過(guò)bowtie2（DNA比對(duì)）和hisat2（RNA-seq比對(duì)），現(xiàn)在學(xué)習(xí)另一個(gè)很火的軟件：STAR。S...
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使用cellassign包進(jìn)行單細(xì)胞類型注釋分析（二）：Assigning single-cells to known cell types with CellAssignBasic usage 這里，我們使用cellassign包自帶的示例數(shù)據(jù)簡(jiǎn)單演示其基本用法。首先，加載相關(guān)的R包和示例數(shù)據(jù)： 接下來(lái)，我們計(jì)算...
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使用cellassign包進(jìn)行單細(xì)胞類型注釋分析（一）：Constructing marker genes from purified scRNA-seq datacellassign包簡(jiǎn)介 cellassign基于marker基因的信息自動(dòng)將單細(xì)胞RNA-seq數(shù)據(jù)分配注釋到已知的細(xì)胞類型中。它以mark...
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10X細(xì)胞類型手動(dòng)定義||Identifying Cell Types with Loupe Cell Browser細(xì)胞定義我們不再多說(shuō)，用非監(jiān)督方法聚類后是得到了細(xì)胞群體異質(zhì)性（分了幾個(gè)群出來(lái)），但是這些群都是什么細(xì)胞呢？于是出現(xiàn)了許多細(xì)胞注釋的工具，如我們...
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空間轉(zhuǎn)錄組第九講：利用SingleR進(jìn)行細(xì)胞類型注釋
前面我們說(shuō)過(guò)空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)不是真正的單細(xì)胞水平，每個(gè)spot會(huì)捕獲5-10個(gè)細(xì)胞，這樣每個(gè)spot里實(shí)際上可能存在幾種不同類型的細(xì)胞。但是對(duì)于大...
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SingleR單細(xì)胞類型自動(dòng)注釋與celldex參考數(shù)據(jù)包SingleR包可基于參考數(shù)據(jù)集，實(shí)現(xiàn)對(duì)單細(xì)胞數(shù)據(jù)細(xì)胞類型的自動(dòng)注釋。celldex包提供若干常用的人/老鼠的注釋細(xì)胞類型的Bulk RNA-s...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組功能分析（超詳細(xì)clusterProfiler,GSEA,GSVA分析）單細(xì)胞分析不可避免的會(huì)涉及到鑒定不同細(xì)胞類型的功能或比較相同類型在不同狀態(tài)下的功能差異，因此，功能分析在單細(xì)胞分析中相當(dāng)重要. 功能分析的方法很...
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