寫畢業(yè)論文的時(shí)候老板提到要用一張圖表示分類系統(tǒng)的變化，于是像到用?；鶊D來呈現(xiàn)這個(gè)變化的過程，具體操作步驟如下（越來越不喜歡寫注釋了，大家將就著看...
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?；鶊D——不同系統(tǒng)發(fā)育框架比較 -
DiscoVista安裝
DiscoVista是一個(gè)可視化多物種樹的軟件，由python2編寫；大家在安裝的時(shí)候可以單獨(dú)構(gòu)建一個(gè)python2的環(huán)境。 下載安裝包 安裝r...
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基因流檢測軟件Dsuite安裝教程
Dsuite軟件的網(wǎng)站在Github上，GitHub - millanek/Dsuite: Fast calculation of Patter...
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BUSCO安裝
之前有小伙伴反應(yīng)說是BUSCO很難安裝，這里我們使用mamba來進(jìn)行安裝，首先安裝mamba 成功！然后開始安裝busco， 成功！記得每次使用...
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統(tǒng)計(jì)單拷貝直系同源基因頻率
在進(jìn)行單拷貝直系同源基因構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹之前，我們會(huì)將一些出現(xiàn)頻率比較低的單拷貝直系同源基因過濾掉，這就需要先統(tǒng)計(jì)頻率了，這個(gè)腳本使用find函數(shù)...
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phytools祖先狀態(tài)重建
最近做了一個(gè)祖先狀態(tài)重建的工作，還是蠻有意思的。PS：需要說一下的是，RASP的祖先狀態(tài)重建主要是分布區(qū)重建，用RASP的模型去做性狀重建會(huì)出現(xiàn)...
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Mrbayes構(gòu)建貝葉斯樹復(fù)習(xí)
最近又重新構(gòu)建多片段的貝葉斯樹，對(duì)這些參數(shù)又有了新的理解，在此記錄，以備查詢。 多線程安裝 以前倒是寫過多線程的安裝，不過都比較繁瑣，參考貝葉斯...
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Spades組裝中斷重啟
由于本人使用的服務(wù)器是大組公用服務(wù)器，所以經(jīng)常遇到斷網(wǎng)或者是死機(jī)的情況，spades的組裝時(shí)長非常久，經(jīng)常遇到組裝一整天然后突然斷掉的情況，如果...
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r8s計(jì)算分化時(shí)間
1. 下載與安裝 我不知道為什么網(wǎng)絡(luò)上的下載路徑都被禁用了，所以我找了一個(gè)網(wǎng)上下載的地方r8s download | SourceForge.n...
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MCMCtree計(jì)算分化時(shí)間
目前我知道的可以做物種分化時(shí)間計(jì)算的軟件主要有beast，beast2，r8s，paml的mcmctree，還有Nagy論文中的PhyloBay...
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