今天還是在做張阿姨的項(xiàng)目，還是那100多個(gè)菌，她說要blast一下抗性基因，那就比咯，最出名與權(quán)威的的細(xì)菌抗性基因庫自然肯定是resfinder了。

for i in $(cat list); do echo i; mkdir ${i}_re; python resfinder.py -i ${i}_new.fa -o ${i}_re -p resfinder  -t 0.95 -l 0.90 > ${i}_out; done

寫個(gè)循環(huán)，刷刷弄完真開心。

問題來了！

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生成的json結(jié)果的命名全是一樣的！都是data_resfinder.json
只有生成的目錄文件名不一樣，噢不。怎么辦。

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應(yīng)該是輸出文件指令吧。。。

我們來看看輸出的result是什么樣子的：

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#resfinder轉(zhuǎn)csv
import os 
from collections import OrderedDict
import csv

forall = OrderedDict()

yourdir = "C:/Users/Administrator/Desktop/output/"#input("dir:")#輸入文件夾名字
mylist = os.listdir(yourdir)#批量讀取文件名

首先先讀讀包，引入一下文件。
然后創(chuàng)建一個(gè)篩選器。

#提取函數(shù)
def select(file):
    for c in file.readlines():
        #c = c.strip()
        if len(c) > 70:
            if c.find("No hit found")  == -1:
                if c.find("run_info")  == -1:
                    if c[70] != " ":
                        c = c.strip()
                        c = c.replace("{","")
                        c = c.replace("'","")
                        c = c.replace('"',"")
                        temp = c.find("HSP_length")
                        c = c[:temp-2]
                        c = c.split()
                        last = c[-1]
                        forall[i].append(last)

再要一個(gè)判斷器判斷該耐藥基因在該個(gè)體中是否存在，超簡(jiǎn)單！

#判斷存在函數(shù)
def exist():
    for k in forall[i]:
        if j == k:
            temp = 1
            break
        else:temp = 0
    return temp

最后主程序以及寫到csv中。

for i in mylist:
    file=open(yourdir+i,'r')
    forall[i] =[]
    select(file)
    #print(forall)
    file.close()

forall_name = []
for i in forall.keys():

    forall_name.append(i)
outgo = forall[forall_name[0]]
for j in range(len(forall_name)):
    outgo = list(set(outgo).union(forall[forall_name[j]]))
    #print(outgo)

outmat = OrderedDict()
data = []
for i in forall.keys():
    outmat[i] = []
    for j in outgo:
        ex = exist()
        outmat[i].append(ex)
    outmat[i].append(i)
    data.append(outmat[i])
   
     ##print(data)
with open('test.csv', 'w', newline='') as t_file:
    csv_writer = csv.writer(t_file)
    csv_writer.writerow(outgo)
    for l in data:
       csv_writer.writerow(l)
    

生成矩陣用EXCEL打開如下嘿嘿嘿，又可以畫圖了嘿嘿嘿。

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