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KEGG 簡介
KEGG全稱: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes
KEGG是一個整合了基因組、化學和系統(tǒng)功能信息的數(shù)據(jù)庫。其中最核心的為 KEGG PATHWAY和KEGG ORTHOLOGY 數(shù)據(jù)庫。在 KEGG ORTHOLOGY 數(shù)據(jù)庫中，將序列高度相似且行使相同功能的基因聚在一起，稱為 Ortholog Groups (KO entries)，每個 KO 包含多個基因信息，并在一至多個 pathway 中發(fā)揮作用。而在 KEGG PATHWAY 數(shù)據(jù)庫中，將生物代謝通路劃分為 6 類，分別為：細胞過程（Cellular Processes）、環(huán)境信息處理（Environmental Information Processing）、遺傳信息處理（Genetic Information Processing）、人類疾?。℉uman Diseases）、新陳代謝（Metabolism）、生物體系統(tǒng)（Organismal Systems），其中每類又被系統(tǒng)分類為二、三、四層。第二層目前包括有 43 種子 pathway；第三層即為其代謝通路圖；第四層為每個代謝通路圖的具體注釋信息。
網(wǎng)址：https://www.kegg.jp/
KEGG主頁
主頁主要分為四大塊
（1）以分類列表的形式介紹KEGG所包含的各個內(nèi)容模塊
（2）每個模塊的直接入口
（3）特定生物體查詢
（4）分析工具
模塊1，可以了解KEGG數(shù)據(jù)庫內(nèi)部數(shù)據(jù)的流通和與其他數(shù)據(jù)庫之間的關系。
模塊2，是KEGG數(shù)據(jù)庫的核心。
這里主要介紹KEGG PATHWAY
KEGG PATHWAY
一級分類
1. Metabolism
2. Genetic Information Processing
3. Environmental Information Processing
4. Cellular Processes
5. Organismal Systems
6. Human Diseases
7. Drug Development
點擊三級分類的通路，就可以找到我們呢想要的pathway map 。
KEGG中存在三大類代謝圖，每個數(shù)據(jù)路的pathway都有相應的唯一編號。
- （1）reference pathway
根據(jù)已有的知識繪制的、概括的、詳盡的具有一般參考意義的代謝圖。通路圖中的小框都是白色，方便個性化填充顏色，在KEGG中名字以map開頭，節(jié)點代表某一基因、該基因編碼的酶及這個酶參與的反應。例如：map00010
方框一般就是酶，方框里面的2.7.1.1是EC編號；小圓圈代表代謝物，將鼠標放上面（需要在線版），會出現(xiàn)C00267，C代表compound，00267是這種化合物在KEGG中的編號
- （2）species-specific pathway
物種特有代謝通路圖。綠色小框為該物種特有的基因或酶，只有這些綠色的框有更詳細的信息。KEGG中名字為特定物種種屬英文縮寫，比如hsa04012：ErbB signaling pathway
- （3）以ko/ec/rn開頭的Reference pathway
ko通路中的節(jié)點只代表基因；ec通路中的節(jié)點只代表相關的酶；rn通路中的節(jié)點只表示該點參與的某個反應、反應物及反應類型。底色以藍色表示。
沒有著色的路徑圖是由內(nèi)部軟件KegSketch手動繪制的原始版本。 具有著色的其他路徑圖全部通過計算生成如下：
Reference pathway：這是原始版本; 白色盒子與代謝途徑中的KO，ENZYME和REACTION條目有超鏈接; 它們被鏈接到非代謝途徑中的KO條目。
Reference pathway (KO)：藍色框被超鏈接到從原始版本中選擇的KO條目。
Reference pathway (EC)：藍色框被超鏈接到從原始版本中選擇的ENZYME條目。
Reference pathway (Reaction)：藍色框被超鏈接到從原始版本中選擇的REACTION條目。
Organism-specific pathway：通過將KO標識符轉換為參考途徑中的基因標識符，綠色框被超鏈接到GENES條目，指示基因組中基因的存在以及途徑的完整性。
信號通路圖的官方解釋https://www.genome.jp/kegg/document/help_pathway.html
