我們經(jīng)常會使用KEGG數(shù)據(jù)庫來研究基因的功能，而在KEGG 數(shù)據(jù)庫中，直接存儲分子功能的就是KEGG Orthology 數(shù)據(jù)庫。

KEGG Orthology 簡稱KO,該數(shù)據(jù)庫中的每一條記錄用K number 唯一標(biāo)識?；谕椿蚓哂邢嗨乒δ艿募僭O(shè)，把基因的功能進行了擴充。對于某個物種中功能研究的很清楚的基因，在不同的物種間搜尋該基因的同源基因，將這些同源基因定義為一個orthology, 用該基因的功能作為該orthology 的功能；這樣就將對于不同物種基因功能的研究都利用起來，提供了一個全面的研究基因功能的數(shù)據(jù)庫。

pathway，module 等數(shù)據(jù)庫都是建立在KO數(shù)據(jù)庫的基礎(chǔ)上的，KO可以說是KEGG中處于核心地位的一個數(shù)據(jù)庫，所以理解KO數(shù)據(jù)庫就特別的重要。

對于一個具體的KO來說，在這個KO下是一系列基因，這些基因可以來源于不同的物種，但是具有相同的功能。以K00161為例，對應(yīng)的同源基因的列表可以從KEGG的官網(wǎng)查詢得到，

打開這個鏈接 http://www.genome.jp/kegg/ko.html ， 在查詢的文本框中輸入K number, 如下圖所示：

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點擊Orthology table按鈕，在跳轉(zhuǎn)的頁面可以看到具體的基因列表，如下圖所示

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在下拉列表中，還可以對物種進行篩選，比如只顯示Animals的基因。

對于已知的基因，可以直接在數(shù)據(jù)庫中檢索得到對應(yīng)的功能，那么對于新發(fā)現(xiàn)的基因，如何利用KO數(shù)據(jù)庫來研究其功能呢？

根據(jù)同源基因的定義，序列相似度在80%以上的就定義為同源基因。對于功能未知的基因，我們只需要根據(jù)序列比對查找對應(yīng)的功能已知的同源基因就可以了。

KEGG官網(wǎng)提供了一個在線的工具，BlastKOALA。這個工具基于blast 比對，將輸入的基因序列和KEGG Gene 數(shù)據(jù)庫中的序列去比對，查找最佳匹配的一個gene, 將該基因?qū)?yīng)的K number 賦予查詢的基因。

地址如下：http://www.kegg.jp/blastkoala/

1.首先在文本框中輸入帶查詢的基因的序列

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2.設(shè)置對應(yīng)的物種信息，減少查詢的物種范圍

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3. 根據(jù)實際情況選擇用于檢索的基因集數(shù)據(jù)庫

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4. 最后輸入郵箱地址，提交任務(wù)就可以了

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首先會給你的郵箱發(fā)一封郵件，你必須點擊這個郵件中的鏈接才能開始工作，當(dāng)結(jié)束后，會再發(fā)一封郵件給你，通過郵件中的鏈接就可以看到最終的分析結(jié)果。

總結(jié)

KO 數(shù)據(jù)庫是研究基因功能的基礎(chǔ)數(shù)據(jù)庫，每個KO下對應(yīng)的是一系列具有相同功能的基因，這些基因可以來源于不同的物種。

基于序列比對的原理，我們可以利用KO 數(shù)據(jù)庫來研究新基因的功能。