劉總的項目歷經千辛萬苦終于要開始了，因為測了一個基因組，當然不可避免的要做一個Circos圖展現基因組的一些信息。今我就來記錄一下Circos圖繪制的方法，具體原理細節(jié)老規(guī)矩不介紹，腳本不外傳，方法僅供參考。讓我們快來開始吧，快來開始吧。

簡單看一下我們想要的Circos圖長啥樣：

Fonio millet genome unlocks African orphan crop diversity for agriculture in a changing climate

大概就這樣，每一圈代表一種信息。
現在就開始我們自己的圖片繪制吧。
首先準備輸入文件

xxx.cds
xxx.gff
xxx.fa

先做最內圈的共線性，用jcvi做

#只截取gff中大片段的LG信息（組裝的時候還有很多contig,影響畫圖）
grep "^LG" Fsr.genome.gff > f.gff
#將gff轉為bed格式
python -m jcvi.formats.gff bed --type=mRNA f.gff -o f.bed
#鑒定共線性區(qū)塊（f.cds f.bed在當前目錄下）
python -m jcvi.compara.catalog ortholog f f --no_strip_names
#得到我們需要的輸出文件 f.f.anchors f.bed

之后我們就該做circos了，目前打算繪制基因個數，重復序列含量，GC含量，就這些吧，需要再添加好了。
具體的步驟如下：（因為一些原因具體代碼不方便透露，有需要私聊哈，視情況而定）

#計算染色體長度
#生成染色體文件 7列
#生成窗口文件， 窗口大小50Kb
#計算每個窗口平均GC含量
#計算每個窗口基因條數
#計算每個窗口重復序列含量
#共線性模塊鑒定

所有的Circos輸入文件就準備好了，除了輸入呢，還有幾個配置文件，根據需求和其他教程自己配置哈，這里不聊了。

最后運行Circos

circos -conf f.conf

要得到一個漂亮的圖還是需要不斷調試的。