先說安裝測試環(huán)境
操作系統(tǒng)：windows7-32bit
R語言版本：R4.1.2+Rstudio1.1
Bioc版本：Bioconductor version 3.14 (BiocManager 1.30.16)
這里最主要的還是R語言版本的選擇。
R3.4.4 R3.6.3兩個(gè)版本都沒成功，碰到一堆問題。
R4.1.2安裝WGCNA相對簡單一點(diǎn)，這里就以它為例吧。
install.packages('WGCNA')
之后會(huì)彈出一個(gè)鏡像源選擇框，這里選China(Beijing 2)[https]
安裝完成后，試試能否加載成功
library(WGCNA)
#####################################
Error: package or namespace load failed for ‘WGCNA’ in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]):
不存在叫‘GO.db’這個(gè)名字的程輯包
In addition: Warning message:
R graphics engine version 14 is not supported by this version of RStudio. The Plots tab will be disabled until a newer version of RStudio is installed.
沒有GO.db，就安裝一下
BiocManager::install('GO.db')
安裝過程還算順利，然后再試試加載WGCNA包。
library(WGCNA)
#####################################
Error: package or namespace load failed for ‘WGCNA’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]):
不存在叫‘impute’這個(gè)名字的程輯包
沒有impute，就安裝一下
BiocManager::install('impute')
安裝過程還算順利，然后再試試加載WGCNA包。
library(WGCNA)
####################################
Error: package or namespace load failed for ‘WGCNA’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]):
不存在叫‘preprocessCore’這個(gè)名字的程輯包
沒有preprocessCore，就安裝一下
BiocManager::install('preprocessCore')
安裝過程還算順利，然后再試試加載WGCNA包。
library(WGCNA)
#####################################
載入程輯包：‘WGCNA’
The following object is masked from ‘package:stats’:
cor
再試試能否加載
library(WGCNA)
無任何提示信息，表明加載成功，可以正常使用了。
這里為了省事，選了一個(gè)簡單安裝的版本，實(shí)在不想折騰的死去活來了。
