植物逆境營(yíng)養(yǎng)博士生，<br>喜歡折騰編程方面的東西，<br>愛好攝影，偶爾喜歡裝文藝。
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)定量歸一化
作者：二十八畫生審稿：童蒙編輯：amethyst 引言 經(jīng)?？吹筋愃频奶釂?wèn)：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析中FPKM和TPM哪個(gè)歸一化方法好？小編并不盲從，此前一直使用FPKM，Nature...
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基因表達(dá)分析（中）- 富集分析
回顧 首先對(duì)基因表達(dá)分析（上）做一個(gè)簡(jiǎn)單的回顧 研究基因表達(dá)的有如下工具：RNA-Seq，microarray， qRT-PCR等（歡迎補(bǔ)充） RNA-Seq，microar...
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推薦一本生物信息學(xué)相關(guān)在線電子書我是在找snakemake參考資料的時(shí)候找到的這本在線電子書，鏈接是 https://eriqande.github.io/eca-bioinf-handbook/[http...
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談?wù)勣D(zhuǎn)錄組測(cè)序基礎(chǔ)知識(shí)及常見問(wèn)題轉(zhuǎn)錄組學(xué)(Transcriptomics)，是一門在真整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科，從RNA水平研究基因的表達(dá)情況。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是通過(guò)二代測(cè)序平臺(tái)快速...
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TCGA轉(zhuǎn)錄組差異分析后多種基因功能富集分析：從GO/KEGG到GSEA和GSVA/ssGSEA（含基因ID轉(zhuǎn)換）測(cè)序上游分析系列： mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測(cè)序從raw reads到表達(dá)矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測(cè)序pipeline：從raw r...
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歡迎關(guān)注公眾號(hào) “生信交流平臺(tái)”
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GO和KEGG富集結(jié)果如何顯示基因symbol
前面在講GO和KEGG富集倍數(shù)（Fold Enrichment）如何計(jì)算[https://link.zhihu.com/?target=http%3A//mp.weixin....
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GO，KEGG，GSEA富集分析筆記
what is Gene Ontology ?——基因本體論 1 ， 什么是本體論？簡(jiǎn)單來(lái)說(shuō)，就是我們對(duì)一個(gè)具體事物進(jìn)行分類并予以描述。例如：貓是一種哺乳動(dòng)物/貓是貓科動(dòng)物/...
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轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)七（差異基因分析）
轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)一（軟件安裝） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)二（數(shù)據(jù)下載） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)三（數(shù)據(jù)質(zhì)控） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)四（參考基因組及gtf注釋探究） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)五（reads的比對(duì)與samtoo...
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轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)一（軟件安裝）
轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)一（軟件安裝） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)二（數(shù)據(jù)下載） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)三（數(shù)據(jù)質(zhì)控） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)四（參考基因組及gtf注釋探究） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)五（reads的比對(duì)與samtoo...
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轉(zhuǎn)錄組拼接很難？一文讀懂轉(zhuǎn)錄組拼接，實(shí)戰(zhàn)教學(xué)lz從今天開始希望跟大家分享一些生信的實(shí)戰(zhàn)，希望與大家一起進(jìn)步，前段時(shí)間應(yīng)老板的要求自學(xué)的轉(zhuǎn)錄組的拼接原理，經(jīng)過(guò)一番折騰，最終在超算平臺(tái)的幫助下完成了老板交給的任務(wù)。 ...
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生信基礎(chǔ)知識(shí)復(fù)習(xí)之測(cè)序劉小澤寫于18.11.25每學(xué)習(xí)一遍之前的知識(shí)，總能從不同角度獲取一些觀點(diǎn)，然后擴(kuò)增自己的知識(shí)庫(kù)，這就是“知識(shí)迭代”這次我也就是想到哪寫到哪，把自己認(rèn)為重要的內(nèi)容梳理下，用Q...
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從統(tǒng)計(jì)學(xué)的角度理解RNA-seq這次是分享李婧翌團(tuán)隊(duì)的一篇綜述《Modeling and analysis of RNA-seq data: a review from a statistical pers...
