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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析||Garnett細(xì)胞類型注釋工具Garnett是一個(gè)從單細(xì)胞表達(dá)數(shù)據(jù)中實(shí)現(xiàn)自動細(xì)胞類型分類的軟件包。Garnett的工作方式是獲取單細(xì)胞數(shù)據(jù)和細(xì)胞類型定義(marker)文件，并訓(xùn)練一個(gè)基于回歸的分類器。一...
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寶藏R包：TCGA的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)挖掘一站搞定
最近在看ceRNA的時(shí)候看到了一個(gè)寶藏R包，寫包簡化了芯片數(shù)據(jù)下游分析之后，我正想著寫轉(zhuǎn)錄組下游分析的簡化版，就看到了它。用起來~ 0.R包和數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 這里使用的是作者給的示...
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CellChat：細(xì)胞間相互作用分析利器前言 我們知道，細(xì)胞間信息傳遞方式一個(gè)是細(xì)胞表面配受體的相互作用，另一個(gè)通過細(xì)胞產(chǎn)生的可溶性小分子，即細(xì)胞因子。在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中下游，有時(shí)候我們想看某幾種細(xì)胞類型之間的相互...
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R數(shù)據(jù)分析：tableone包的詳細(xì)使用介紹
tableone是幫助我們快速生成文章中table1表格的一個(gè)包，通常來說一篇SCI文章的第一個(gè)表都會給出樣本的基線情況。而tableone就是可以幫我們快速地匯總描述所有樣...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)挖掘推薦數(shù)據(jù)挖掘推薦 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序（Single-cell RNA Sequencing ）通過在單個(gè)細(xì)胞水平上進(jìn)行測序，解決了用組織樣本無法獲得不同細(xì)胞間的異質(zhì)性信息或樣本量太...
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使用ggplot2個(gè)性化繪制GO富集分析柱狀圖好久沒更新了 今天就更新一波，今天的主題是如何使用ggplot2個(gè)性化繪制GO富集分析柱狀圖。進(jìn)入正題,為什么選擇利用ggplot做圖，而沒用clusterProfiler自...
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ReactomeGSA：高效的單細(xì)胞通路分析工具前情提要： SPATA：基因集驅(qū)動的空間轉(zhuǎn)錄組分析框架[http://www.itdecent.cn/p/81ce67b27529]enrichplot||基因富集結(jié)果可視...
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GSEA和GSVA，再也不用去下載gmt文件咯前言 我是在y蜀黍的書里(搜索clusterProfiler book 即可找到)看到了一個(gè)叫msigdbr的包，就是把MsigDB的那些基因集合都R語言化了。那么以后想做G...
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自從用了XMind，神奇的知識增加了。
思維導(dǎo)圖作為知識的承載容器，有極其強(qiáng)大的概括和總結(jié)功能。日常工作和生活中，碰到感興趣的話題隨手用 XMind 簡單整理下做下知識積累，關(guān)鍵時(shí)刻也許能派上用場。 很多小伙伴在各...
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PhD student in Biology | Genomics | Evolution | TSS | python | R | Machine Learning | R package develop<br>
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搬磚的工人<br>
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西澳大學(xué)生物信息博士一枚<br>研究方向: 植物泛基因組與群體基因組學(xué)的挖掘<br><br>簡信不回答問題，有問題發(fā)至<br>lakeseafly50@gmail.com
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生信技能樹，生信菜鳥團(tuán)，jimmy
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80后，以培養(yǎng)好習(xí)慣為人生大目標(biāo)， 知識星球 Becoming 星主，編制行為和心智程序
