在umi框架中，圖片等靜態(tài)資源主要放到三個(gè)地方：1.在/pulbic目錄下，一般放共享資源。2.在/src/assets/目錄下，一般放全局靜態(tài)資源。3.在/src/page...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：江蘇
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在umi中如何訪問(wèn)靜態(tài)資源
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如何將多個(gè)生存分析曲線圖片進(jìn)行合并拼圖survminer包的ggsurvplot()函數(shù)可以畫(huà)好看的生存分析曲線，也可以用分面的方法分面繪制多組圖片（教程可以見(jiàn)我以前給生信助手上的一個(gè)小建議「凌云34」Multi...
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生存模型的time C-index 計(jì)算與繪圖0.Time C-index C-index 是一致性指數(shù)，與AUC值一樣是評(píng)價(jià)模型預(yù)測(cè)能力的指標(biāo)，在預(yù)后模型里，time-ROC很常見(jiàn)，Time C-index卻不咋常見(jiàn)，...
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如何用R語(yǔ)言做差異代謝物的kegg富集分析編寫(xiě)：王采荷 感覺(jué)已經(jīng)很久沒(méi)有在簡(jiǎn)書(shū)上分享自己的東西了，今天在集合其他大佬的力量終于把“如何用R語(yǔ)言做差異代謝物的kegg富集分析”這個(gè)問(wèn)題給解決了。我決定將這個(gè)過(guò)程分享到簡(jiǎn)...
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「r<-包」使用 sigminer 進(jìn)行突變模式分析突變模式分析（Mutational Signature Analysis）已經(jīng)逐步成為變異檢測(cè)后一個(gè)通用分析，這篇文章簡(jiǎn)單介紹如何使用 sigminer 進(jìn)行突變模式分析，以...
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COSMIC數(shù)據(jù)庫(kù)介紹——癌癥研究者必看這是Sanger 研究所 2018 年 發(fā)表的在《Nucleic Acids Research》上的關(guān)于COSMIC v86 新版本的一篇文章，對(duì) COSMIC 數(shù)據(jù)庫(kù)功能和...
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原來(lái)如此，感謝解釋~
參考基因組中的chr*_random和chrUn_*序列如何處理？
在下載人和小鼠基因組做為參考時(shí)，大多數(shù)可能只留意到了chr1-22，chrY，chrX和chrM的參考基因組序列，于是分別下載了25條染色體序列，合并成一個(gè)fasta文件，用...
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參考基因組中的chr*_random和chrUn_*序列如何處理？
在下載人和小鼠基因組做為參考時(shí)，大多數(shù)可能只留意到了chr1-22，chrY，chrX和chrM的參考基因組序列，于是分別下載了25條染色體序列，合并成一個(gè)fasta文件，用...
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【生信】EDirect的安裝和使用
上次寫(xiě)過(guò)一篇批量下載基因組的文章，使用的方法是從NCBI一個(gè)網(wǎng)站上搜索，下載文件里提取ftp網(wǎng)址，然后再用wget批量下載的。（傳送門：【生信】利用shell批量下載NCBI...
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GATK4-Mutect2-FilterMutectCalls
最近在搭建大panel（528基因）Tumor-Normal樣本分析的管線，用的是GATK4-Mutect2工具。 1.GATK4用到的數(shù)據(jù)庫(kù)（b37） 2.Mutect2 ...
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分析ABSOLUTE數(shù)據(jù)結(jié)果
在解析ABSOLUTE軟件一文中我簡(jiǎn)單介紹了ABSOLUTE軟件，因?yàn)锳BSOLUTE解的多樣性，這篇文章主要聚焦于ABSOLUTE結(jié)果的解讀，對(duì)象是結(jié)果圖。 主要的參考資料...
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【數(shù)據(jù)庫(kù)-7】ExAC數(shù)據(jù)庫(kù)
歡迎關(guān)注公眾號(hào)oddxix 如果覺(jué)得寫(xiě)的不錯(cuò)記得點(diǎn)個(gè)贊，謝謝支持~ 1.簡(jiǎn)介 官網(wǎng)：http://exac.broadinstitute.orgExAC數(shù)據(jù)庫(kù)的全稱是（the...
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GATK4插件Mutect2參數(shù)解析作者按 最近在準(zhǔn)備著換一個(gè)職業(yè)賽道，所以在做之前所有項(xiàng)目的回溯，遇到了最最基礎(chǔ)的SNV+Indel的流程，給別人重新講了一遍Mutect2的過(guò)濾規(guī)則和參數(shù)選擇，發(fā)現(xiàn)這個(gè)，含金...
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GATK4+mutect2 call somatic mutation
最近看了GATK的網(wǎng)站，以前經(jīng)常用GATK call somatic mutation， 但是用的版本太老了，另外服務(wù)器最近換了盤，很多代碼路徑都變了，網(wǎng)上關(guān)于GATK4的教...
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Q30與Phred值轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)中，經(jīng)常會(huì)出現(xiàn)Q30或Phred值，它們究竟是什么含義？ Q30表示一個(gè)堿基的質(zhì)量值，也表示該堿基錯(cuò)誤率百分比。Q30指堿基質(zhì)量值為30，錯(cuò)誤率為0.1%，正確...
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GATK 4.1.4.0 CreateSomaticPanelOfNormals最近在做blood tumor paired外顯子分析流程，看了一下GATK的論壇，在關(guān)于用對(duì)照樣本作過(guò)濾的問(wèn)題上，曾經(jīng)的設(shè)置質(zhì)量參數(shù)作硬性過(guò)濾條件的方法已經(jīng)out，現(xiàn)在GA...
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差異基因|Limma安裝和使用
介紹 常用的差異基因分析軟件主要有DESeq2、edgeR以及Limma。其中，DESeq2適合有重復(fù)的樣本(官方推薦4個(gè)以上)，edgeR可以實(shí)現(xiàn)單個(gè)樣本的差異基因分析。但...
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突變癌癥驅(qū)動(dòng)基因概要# No.1 今天給大家分享的是西班牙巴塞羅那加泰羅尼亞研究Núria López-Bigas于2020年發(fā)表在Nature Reviews Cancer(IF:60.716...