IP屬地：廣西
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lesson6 富集分析1.AUCell package 假設(shè)存在一通路A有20個(gè)相關(guān)基因，要評價(jià)通路的表達(dá)情況，可以用AUCell對這20個(gè)相關(guān)基因進(jìn)行打分，得分高代...
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lesson5 畫！丑！圖！1.小提琴圖標(biāo)注p值 （接lesson4） 仍以基因Rbp1的表達(dá)為例 2.比例圖標(biāo)注p值 畫比例圖 加載數(shù)據(jù)與r package 為畫圖挑選顏...
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lesson4 展示marker在每個(gè)cluster注釋好細(xì)胞類型后，需要找出每個(gè)細(xì)胞種類的marker基因并進(jìn)行可視化 讀取數(shù)據(jù)、創(chuàng)建seurat對象并進(jìn)行錨點(diǎn)整合 降維聚類...
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腦子不好使的小問題SCTransform SCTransform一個(gè)函數(shù)包括NormalizeData，ScaleData,FindVariable三個(gè)函數(shù)的功能...
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lesson3 對聚類細(xì)胞cluster進(jìn)行注釋的方法在完成對樣本的整合、聚類與可視化后，樣本細(xì)胞形成了許多cluster，需要得出這些cluster代表的細(xì)胞種類并將其注釋到圖上。 注釋方法分為手...
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lesson2 多個(gè)樣本的scRNA測序整合分析pipeline
當(dāng)多個(gè)樣本一同進(jìn)行分析時(shí)，需要將多個(gè)樣本進(jìn)行整合，目的是讓不同樣本的細(xì)胞均勻地分布到各個(gè)cluster中。整合方法主要有錨點(diǎn)法和harmony法...
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lesson1 單一樣本的scRNA測序pipeline
第一步 數(shù)據(jù)獲取與前期準(zhǔn)備 從NCBI上下載GEO數(shù)據(jù)后解壓，在Rstudio中加載需要的package 第二步 讀取數(shù)據(jù)并進(jìn)行質(zhì)控 讀取數(shù)據(jù) ...