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lasso回歸，ROC曲線及其ROC曲線的比較
很多時候遇到的數據均為表達譜數據，所以基因數量很多，需要用lasso回歸來篩選變量。一般都是使用R來實現(xiàn)，下述代碼為篩選變量與篩選出來的變量做ROC曲線 有很多時候需要得到一...
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STRING中做蛋白質互作（PPI）網絡調控圖及GO、KEGG分析1.什么是蛋白互作？ 在轉錄調控相關的文獻中，我們經常能夠看到這樣的蛋白質相互作用網絡（proteinprotein interaction network，PPInetwo...
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R語言實踐二之數據預處理、探針I(yè)D轉換、探針去重
目標二：數據預處理，探針I(yè)D轉換，探針去重1、數據預處理自動log2化，解釋 以上代碼在GEO官網可查。 2、探針基因名轉換platformMap.txt中有常見的平臺各R注...
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R語言實踐一之下載GEO數據
目標一：下載GEO數據，以GSE42872為例方法一：通過加裝GEOquery包，使用getGEO函數可以得到對應GEO好的表達矩陣，注釋信息，樣本信息等。 此步驟Run后下...
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分子機制研究中借用GEO/TCGA數據-20200929
幾乎每個做分子水平研究的老師，都會做分子機制，找到一個重要分子，研究其上下游調控機制。那么如何找到這個重要分子，如何找到該分子上下游的關聯(lián)分子呢？可以做各種細胞，動物實驗。本...
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GEO/TCGA數據是否需要標準化的問題一.對于芯片數據： GEO中的Series Matrix File(s)通常是經過了標準化和對數轉換的數據，但是不是所有的都是 具體判斷方法： 表達量是否需要重新標準化： 可...
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GEO，TCGA數據挖掘（連載中）
一，對GEO的簡單介紹，下載數據 個人認為，對GEO那些復雜的介紹，我是根本記不住。所以我挑選了一些必須用到，容易記住和理解的知識給大家。 一：首先是對GSE，GSM , 和...
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TCGA和GEO套路文章解說文章，重在研究思路。有好的思路，才能有精彩的故事。很多時候，我們想找一個好點子，比如性狀，疾病相關的關鍵分子，需要設計實驗，做大量的分子篩選的工作，對于土豪實驗室可以可以大把...
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知識分享| 轉錄組個性化分析(6）——WGCNA近年來，很多SCI高分文章中都使用了WGCNA，那么WGCNA是什么，它可以應用于哪些研究方向，又如何進行WGCNA分析，其分析結果如何看？現(xiàn)在就帶著這些問題，跟著小易...
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WGCNA的理論背景知識
WGCNA是一種從大量數據中挖掘module的算法，而這些module所包含的gene為一組表達模式類似或這說表達譜相似的基因，也就是相關或不相關。而正相關還是負相關可以由W...
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WGCNA關鍵模塊和hub基因篩選
WGCNA的理論背景知識[http://www.itdecent.cn/p/e102681ec979]WGCNA的詳細分析流程[https://www.jianshu.co...
