（a）：手動(dòng)建立CellChat受配體數(shù)據(jù)庫(kù)。CellChatDB考慮了已知的配體受體復(fù)合物的組成，包括配體和受體的多聚復(fù)合物，以及幾種輔助因子類型:可溶性激動(dòng)劑、拮抗劑、共...
IP屬地：甘肅
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單細(xì)胞筆記18-細(xì)胞通訊之CellChat -
Recv failure: Connection reset by peer 這是為啥子
如何獲取kegg通路的基因列表
如何獲取kegg通路的基因列表？相信很多人都有這個(gè)疑惑。 哪些時(shí)候需要知道通路的基因列表？舉兩個(gè)例子： 在找差異基因這一步，只想針對(duì)特定通路的基因去找。可以在找完差異基因后，...
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如何獲取kegg通路的基因列表
如何獲取kegg通路的基因列表？相信很多人都有這個(gè)疑惑。 哪些時(shí)候需要知道通路的基因列表？舉兩個(gè)例子： 在找差異基因這一步，只想針對(duì)特定通路的基因去找。可以在找完差異基因后，...
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中科院碩博生一枚，用簡(jiǎn)書來(lái)記錄自己精讀paper和學(xué)習(xí)生信的過(guò)程。
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[ggplot2]跟著Y叔學(xué)ggplot2（一）
1.數(shù)據(jù)和映射 把數(shù)據(jù)中的變量映射到圖形屬性上 映射完成后，要告訴ggplot2展示出什么樣的幾何圖形，以散點(diǎn)圖為例 如果想將切工(cut)映射到圖形屬性[也就是再添加一列數(shù)...
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為什么沒(méi)有生存時(shí)間啊??????
2022新版TCGA數(shù)據(jù)下載與整理
2022年4月份TCGA進(jìn)行了更新，測(cè)序數(shù)據(jù)變成了STAR-count文件。以往count文件是htseq.counts.gz格式，現(xiàn)在變成star_gene_counts....
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為什么下載到expdata和clinical是一樣的文件
2022新版TCGA數(shù)據(jù)下載與整理
2022年4月份TCGA進(jìn)行了更新，測(cè)序數(shù)據(jù)變成了STAR-count文件。以往count文件是htseq.counts.gz格式，現(xiàn)在變成star_gene_counts....
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Barcode file missing. Expecting barcodes.tsv.gz
Seurat包合并多個(gè)單細(xì)胞樣本
示例數(shù)據(jù)：GSE139324有63個(gè)samples。https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE1393241...
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每個(gè)文件夾里均為matrix.mtx.gz、features.tsv.gz、barcodes.tsv.gz，可還是提示Barcode file missing. Expecting barcodes.tsv.gz，這是為啥呢，求大神告知啊
Barcode file missing. Expecting barcodes.tsv.gz
常見錯(cuò)誤： 說(shuō)找不到Barcode文件，但明明存在Barcode： Error in Read10X() : Barcode file missing那很有可能是因?yàn)槿齻€(gè)10...
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單細(xì)胞測(cè)序分析: Seurat V3聯(lián)合harmony進(jìn)行單細(xì)胞數(shù)據(jù)整合分析#R包導(dǎo)入 #數(shù)據(jù) 數(shù)據(jù)下載pbmc_stim 數(shù)據(jù)導(dǎo)入 #初始化Seurat 對(duì)象 使用Harmony之前，需要構(gòu)建一個(gè)Seurat對(duì)象， 進(jìn)行一個(gè)標(biāo)準(zhǔn)的Seurat分析（...
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就喜歡一行一解釋的，這比枯燥的聽基礎(chǔ)語(yǔ)法有趣????????
熱圖——pheatmap學(xué)習(xí)
熱圖——pheatmap學(xué)習(xí)代碼及參數(shù)如下： 僅展示熱圖匯總得結(jié)果！ 參考：pheatmap.pdf (r-project.org)[https://cran.r-proje...
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跟著Nature學(xué)作圖：R語(yǔ)言ggplot2分組折線圖添加誤差線論文是 Environmental factors shaping the gut microbiome in a Dutch population 數(shù)據(jù)和代碼的github...
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【CIBERSORT】超詳細(xì)，從數(shù)據(jù)下載到數(shù)據(jù)分析（初學(xué)者筆記）【CIBERSORT】超詳細(xì)，從數(shù)據(jù)下載到數(shù)據(jù)分析全過(guò)程(初學(xué)者筆記) cibersort是目前引用次數(shù)最多的免疫細(xì)胞浸潤(rùn)估計(jì)分析工具，2015年首次發(fā)表于nature me...
