植物逆境營養(yǎng)博士生，<br>喜歡折騰編程方面的東西，<br>愛好攝影，偶爾喜歡裝文藝。
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)定量歸一化
作者：二十八畫生審稿：童蒙編輯：amethyst 引言 經(jīng)常看到類似的提問：轉(zhuǎn)錄組測序分析中FPKM和TPM哪個歸一化方法好？小編并不盲從，此前一直使用FPKM，Nature...
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基因表達分析（中）- 富集分析
回顧 首先對基因表達分析（上）做一個簡單的回顧 研究基因表達的有如下工具：RNA-Seq，microarray， qRT-PCR等（歡迎補充） RNA-Seq，microar...
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推薦一本生物信息學相關在線電子書我是在找snakemake參考資料的時候找到的這本在線電子書，鏈接是 https://eriqande.github.io/eca-bioinf-handbook/[http...
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談談轉(zhuǎn)錄組測序基礎知識及常見問題轉(zhuǎn)錄組學(Transcriptomics)，是一門在真整體水平上研究細胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學科，從RNA水平研究基因的表達情況。轉(zhuǎn)錄組測序是通過二代測序平臺快速...
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TCGA轉(zhuǎn)錄組差異分析后多種基因功能富集分析：從GO/KEGG到GSEA和GSVA/ssGSEA（含基因ID轉(zhuǎn)換）測序上游分析系列： mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測序從raw reads到表達矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw r...
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GO和KEGG富集結果如何顯示基因symbol
前面在講GO和KEGG富集倍數(shù)（Fold Enrichment）如何計算[https://link.zhihu.com/?target=http%3A//mp.weixin....
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GO，KEGG，GSEA富集分析筆記
what is Gene Ontology ?——基因本體論 1 ， 什么是本體論？簡單來說，就是我們對一個具體事物進行分類并予以描述。例如：貓是一種哺乳動物/貓是貓科動物/...
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轉(zhuǎn)錄組學習七（差異基因分析）
轉(zhuǎn)錄組學習一（軟件安裝） 轉(zhuǎn)錄組學習二（數(shù)據(jù)下載） 轉(zhuǎn)錄組學習三（數(shù)據(jù)質(zhì)控） 轉(zhuǎn)錄組學習四（參考基因組及gtf注釋探究） 轉(zhuǎn)錄組學習五（reads的比對與samtoo...
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轉(zhuǎn)錄組學習一（軟件安裝）
轉(zhuǎn)錄組學習一（軟件安裝） 轉(zhuǎn)錄組學習二（數(shù)據(jù)下載） 轉(zhuǎn)錄組學習三（數(shù)據(jù)質(zhì)控） 轉(zhuǎn)錄組學習四（參考基因組及gtf注釋探究） 轉(zhuǎn)錄組學習五（reads的比對與samtoo...
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轉(zhuǎn)錄組拼接很難？一文讀懂轉(zhuǎn)錄組拼接，實戰(zhàn)教學lz從今天開始希望跟大家分享一些生信的實戰(zhàn)，希望與大家一起進步，前段時間應老板的要求自學的轉(zhuǎn)錄組的拼接原理，經(jīng)過一番折騰，最終在超算平臺的幫助下完成了老板交給的任務。 ...
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生信基礎知識復習之測序劉小澤寫于18.11.25每學習一遍之前的知識，總能從不同角度獲取一些觀點，然后擴增自己的知識庫，這就是“知識迭代”這次我也就是想到哪寫到哪，把自己認為重要的內(nèi)容梳理下，用Q...
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從統(tǒng)計學的角度理解RNA-seq這次是分享李婧翌團隊的一篇綜述《Modeling and analysis of RNA-seq data: a review from a statistical pers...
