火山圖是測序分析報告中最為核心的圖片之一。繪制火山圖的方法有許多，Excel和第三方軟件等，本文主要運(yùn)用ggplot2和ggrepel兩個R包演示[1][2]。橫坐標(biāo)為Fol...
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R繪圖：ggplot2繪制火山圖 -
三分鐘看懂TMT技術(shù)之分析質(zhì)控篇
作者：童蒙編輯：amethyst 蛋白質(zhì)組學(xué)在人類疾病研究應(yīng)用已經(jīng)有所展開，如癌癥、皮膚病、心臟病等。研究包括尋找與疾病相關(guān)的單個蛋白，整體研究某種疾病引起的蛋白質(zhì)表達(dá)或修飾...
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文獻(xiàn)筆記-微流控技術(shù)與單細(xì)胞組學(xué)作者簡介 這篇文章是今年（2019）年發(fā)表在Annual Review of Biomedical Engineering雜志上的，作者是樊榮教授，樊榮教學(xué)是耶魯大學(xué)生物醫(yī)學(xué)...
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簡單了解蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)(PPI)蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)（PPI） 蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)（Protein-Protein Interaction Networks，PPI）是由蛋白通過彼此之間的相互作用構(gòu)成，來參與生物信號...
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蛋白質(zhì)組DIA深度學(xué)習(xí)之譜圖預(yù)測1. 簡介 基于串聯(lián)質(zhì)譜的蛋白質(zhì)組學(xué)大部分是依賴于數(shù)據(jù)庫（database search）的bottom-up策略研究。也就是實(shí)際譜圖和理論譜圖進(jìn)行匹配打分，從而實(shí)現(xiàn)肽段和蛋...
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5?? 蛋白質(zhì)序列基本和特征信息分析(1) :蛋白質(zhì)序列基本信息分析(氨基酸組成，理化性質(zhì)，親疏水等)[序列比對和序列特征分析總目錄](http://www.itdecent.cn/p/878f2b2495ae 蛋白質(zhì)是生命功能的執(zhí)行者，一切生命活動都與蛋白質(zhì)有關(guān)。我們知道...
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蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)搜庫及FDR的控制Part 1. 蛋白質(zhì)組學(xué)中，譜圖搜庫是如何實(shí)現(xiàn)的？ 蛋白質(zhì)組學(xué)中，各種軟件對質(zhì)譜得到的譜圖進(jìn)行搜庫時通常是利用以下三種方法之一進(jìn)行： 根據(jù)相關(guān)的質(zhì)量信息獲得部分或完整的肽序...
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從BAM文件提取unmapped reads并轉(zhuǎn)換成fastq格式
用到的程序，samtools和bedtools，都用conda安裝。 目標(biāo)是將第一次比對的bam中unmapped reads提取出來，并轉(zhuǎn)換成fastq進(jìn)行下次比對。 第一...
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從BAM文件提取unmapped reads并轉(zhuǎn)換成fastq格式用到的程序，samtools和bedtools，都用conda安裝。 目標(biāo)是將第一次比對的bam中unmapped reads提取出來，并轉(zhuǎn)換成fastq進(jìn)行下次比對。 第一...
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簡單的Spike-in和hisat2比對起因是在閱讀一篇文獻(xiàn)時發(fā)現(xiàn)了這么一段話： In the initial step,we spiked 2 × 106 mRNA-GFP and 2 × 106 mRNA-RF...
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歡迎關(guān)注微信公眾號<生信修煉手冊><br>關(guān)注公眾號，可以加入微信群，一起交流溝通
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生信技能樹，生信菜鳥團(tuán)，jimmy
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前言科學(xué)-3D2Y<br><br>簡書博客<br><a href="http://www.itdecent.cn/u/599a9e91afc8" rel="nofollow" target="_blank">http://www.itdecent.cn/u/599a9e91afc8</a><br><br>CSDN博客<br><a href="https://blog.csdn.net/leadingsci" rel="nofollow" target="_blank">https://blog.csdn.net/leadingsci</a><br><br>微店：<br><a href="https://weidian.com/?userid=583316993&wfr=wx_profile" rel="nofollow" target="_blank">https://weidian.com/?userid=583316993&wfr=wx_profile</a>
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科服：生信、AI、育種。全網(wǎng)同號
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Aspera工具安裝與使用
在進(jìn)行高通量分析的過程中，經(jīng)常需要從NCBI或EBI下載動輒幾十G的高通量數(shù)據(jù)，這東西，就算是神如迅雷，也是應(yīng)付不了了，這個時候，為了加快傳輸速度，我們需要使用Aspera來...
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文件格式——FASTA
FASTA文件的格式在生物信息學(xué)中，F(xiàn)ASTA格式（又稱為Pearson格式）是一種基于文本的、用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。在這種格式中堿基對或氨基酸用單個字母來表...
