火山圖是測(cè)序分析報(bào)告中最為核心的圖片之一。繪制火山圖的方法有許多，Excel和第三方軟件等，本文主要運(yùn)用ggplot2和ggrepel兩個(gè)R包演示[1][2]。橫坐標(biāo)為Fol...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：貴州
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R繪圖：ggplot2繪制火山圖 -
三分鐘看懂TMT技術(shù)之分析質(zhì)控篇
作者：童蒙編輯：amethyst 蛋白質(zhì)組學(xué)在人類疾病研究應(yīng)用已經(jīng)有所展開(kāi)，如癌癥、皮膚病、心臟病等。研究包括尋找與疾病相關(guān)的單個(gè)蛋白，整體研究某種疾病引起的蛋白質(zhì)表達(dá)或修飾...
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文獻(xiàn)筆記-微流控技術(shù)與單細(xì)胞組學(xué)作者簡(jiǎn)介 這篇文章是今年（2019）年發(fā)表在Annual Review of Biomedical Engineering雜志上的，作者是樊榮教授，樊榮教學(xué)是耶魯大學(xué)生物醫(yī)學(xué)...
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簡(jiǎn)單了解蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)(PPI)蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)（PPI） 蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)（Protein-Protein Interaction Networks，PPI）是由蛋白通過(guò)彼此之間的相互作用構(gòu)成，來(lái)參與生物信號(hào)...
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蛋白質(zhì)組DIA深度學(xué)習(xí)之譜圖預(yù)測(cè)1. 簡(jiǎn)介 基于串聯(lián)質(zhì)譜的蛋白質(zhì)組學(xué)大部分是依賴于數(shù)據(jù)庫(kù)（database search）的bottom-up策略研究。也就是實(shí)際譜圖和理論譜圖進(jìn)行匹配打分，從而實(shí)現(xiàn)肽段和蛋...
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5?? 蛋白質(zhì)序列基本和特征信息分析(1) :蛋白質(zhì)序列基本信息分析(氨基酸組成，理化性質(zhì)，親疏水等)[序列比對(duì)和序列特征分析總目錄](méi)(http://www.itdecent.cn/p/878f2b2495ae 蛋白質(zhì)是生命功能的執(zhí)行者，一切生命活動(dòng)都與蛋白質(zhì)有關(guān)。我們知道...
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蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)搜庫(kù)及FDR的控制Part 1. 蛋白質(zhì)組學(xué)中，譜圖搜庫(kù)是如何實(shí)現(xiàn)的？ 蛋白質(zhì)組學(xué)中，各種軟件對(duì)質(zhì)譜得到的譜圖進(jìn)行搜庫(kù)時(shí)通常是利用以下三種方法之一進(jìn)行： 根據(jù)相關(guān)的質(zhì)量信息獲得部分或完整的肽序...
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從BAM文件提取unmapped reads并轉(zhuǎn)換成fastq格式用到的程序，samtools和bedtools，都用conda安裝。 目標(biāo)是將第一次比對(duì)的bam中unmapped reads提取出來(lái)，并轉(zhuǎn)換成fastq進(jìn)行下次比對(duì)。 第一...
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簡(jiǎn)單的Spike-in和hisat2比對(duì)起因是在閱讀一篇文獻(xiàn)時(shí)發(fā)現(xiàn)了這么一段話： In the initial step,we spiked 2 × 106 mRNA-GFP and 2 × 106 mRNA-RF...
