Garnett是一個從單細胞表達數(shù)據(jù)中實現(xiàn)自動細胞類型分類的軟件包。Garnett的工作方式是獲取單細胞數(shù)據(jù)和細胞類型定義(marker)文件，并訓(xùn)練一個基于回歸的分類器。一...
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單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析||Garnett細胞類型注釋工具 -
寶藏R包：TCGA的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)挖掘一站搞定
最近在看ceRNA的時候看到了一個寶藏R包，寫包簡化了芯片數(shù)據(jù)下游分析之后，我正想著寫轉(zhuǎn)錄組下游分析的簡化版，就看到了它。用起來~ 0.R包和數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 這里使用的是作者給的示...
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CellChat：細胞間相互作用分析利器前言 我們知道，細胞間信息傳遞方式一個是細胞表面配受體的相互作用，另一個通過細胞產(chǎn)生的可溶性小分子，即細胞因子。在單細胞數(shù)據(jù)分析中下游，有時候我們想看某幾種細胞類型之間的相互...
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R數(shù)據(jù)分析：tableone包的詳細使用介紹
tableone是幫助我們快速生成文章中table1表格的一個包，通常來說一篇SCI文章的第一個表都會給出樣本的基線情況。而tableone就是可以幫我們快速地匯總描述所有樣...
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單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)挖掘推薦數(shù)據(jù)挖掘推薦 單細胞轉(zhuǎn)錄組測序（Single-cell RNA Sequencing ）通過在單個細胞水平上進行測序，解決了用組織樣本無法獲得不同細胞間的異質(zhì)性信息或樣本量太...
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使用ggplot2個性化繪制GO富集分析柱狀圖好久沒更新了 今天就更新一波，今天的主題是如何使用ggplot2個性化繪制GO富集分析柱狀圖。進入正題,為什么選擇利用ggplot做圖，而沒用clusterProfiler自...
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ReactomeGSA：高效的單細胞通路分析工具前情提要： SPATA：基因集驅(qū)動的空間轉(zhuǎn)錄組分析框架[http://www.itdecent.cn/p/81ce67b27529]enrichplot||基因富集結(jié)果可視...
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GSEA和GSVA，再也不用去下載gmt文件咯前言 我是在y蜀黍的書里(搜索clusterProfiler book 即可找到)看到了一個叫msigdbr的包，就是把MsigDB的那些基因集合都R語言化了。那么以后想做G...
