Garnett是一個從單細胞表達數(shù)據(jù)中實現(xiàn)自動細胞類型分類的軟件包。Garnett的工作方式是獲取單細胞數(shù)據(jù)和細胞類型定義(marker)文件,并訓(xùn)練一個基于回歸的分類器。一...
Garnett是一個從單細胞表達數(shù)據(jù)中實現(xiàn)自動細胞類型分類的軟件包。Garnett的工作方式是獲取單細胞數(shù)據(jù)和細胞類型定義(marker)文件,并訓(xùn)練一個基于回歸的分類器。一...
最近在看ceRNA的時候看到了一個寶藏R包,寫包簡化了芯片數(shù)據(jù)下游分析之后,我正想著寫轉(zhuǎn)錄組下游分析的簡化版,就看到了它。用起來~ 0.R包和數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 這里使用的是作者給的示...
前言 我們知道,細胞間信息傳遞方式一個是細胞表面配受體的相互作用,另一個通過細胞產(chǎn)生的可溶性小分子,即細胞因子。在單細胞數(shù)據(jù)分析中下游,有時候我們想看某幾種細胞類型之間的相互...
tableone是幫助我們快速生成文章中table1表格的一個包,通常來說一篇SCI文章的第一個表都會給出樣本的基線情況。而tableone就是可以幫我們快速地匯總描述所有樣...
數(shù)據(jù)挖掘推薦 單細胞轉(zhuǎn)錄組測序(Single-cell RNA Sequencing )通過在單個細胞水平上進行測序,解決了用組織樣本無法獲得不同細胞間的異質(zhì)性信息或樣本量太...
好久沒更新了 今天就更新一波,今天的主題是如何使用ggplot2個性化繪制GO富集分析柱狀圖。進入正題,為什么選擇利用ggplot做圖,而沒用clusterProfiler自...
前情提要: SPATA:基因集驅(qū)動的空間轉(zhuǎn)錄組分析框架[http://www.itdecent.cn/p/81ce67b27529]enrichplot||基因富集結(jié)果可視...
前言 我是在y蜀黍的書里(搜索clusterProfiler book 即可找到)看到了一個叫msigdbr的包,就是把MsigDB的那些基因集合都R語言化了。那么以后想做G...