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lasso回歸，ROC曲線及其ROC曲線的比較
很多時(shí)候遇到的數(shù)據(jù)均為表達(dá)譜數(shù)據(jù)，所以基因數(shù)量很多，需要用lasso回歸來篩選變量。一般都是使用R來實(shí)現(xiàn)，下述代碼為篩選變量與篩選出來的變量做ROC曲線 有很多時(shí)候需要得到一...
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STRING中做蛋白質(zhì)互作（PPI）網(wǎng)絡(luò)調(diào)控圖及GO、KEGG分析1.什么是蛋白互作？ 在轉(zhuǎn)錄調(diào)控相關(guān)的文獻(xiàn)中，我們經(jīng)常能夠看到這樣的蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)（proteinprotein interaction network，PPInetwo...
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R語言實(shí)踐二之?dāng)?shù)據(jù)預(yù)處理、探針I(yè)D轉(zhuǎn)換、探針去重
目標(biāo)二：數(shù)據(jù)預(yù)處理，探針I(yè)D轉(zhuǎn)換，探針去重1、數(shù)據(jù)預(yù)處理自動(dòng)log2化，解釋 以上代碼在GEO官網(wǎng)可查。 2、探針基因名轉(zhuǎn)換platformMap.txt中有常見的平臺(tái)各R注...
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R語言實(shí)踐一之下載GEO數(shù)據(jù)
目標(biāo)一：下載GEO數(shù)據(jù)，以GSE42872為例方法一：通過加裝GEOquery包，使用getGEO函數(shù)可以得到對(duì)應(yīng)GEO好的表達(dá)矩陣，注釋信息，樣本信息等。 此步驟Run后下...
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分子機(jī)制研究中借用GEO/TCGA數(shù)據(jù)-20200929
幾乎每個(gè)做分子水平研究的老師，都會(huì)做分子機(jī)制，找到一個(gè)重要分子，研究其上下游調(diào)控機(jī)制。那么如何找到這個(gè)重要分子，如何找到該分子上下游的關(guān)聯(lián)分子呢？可以做各種細(xì)胞，動(dòng)物實(shí)驗(yàn)。本...
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GEO/TCGA數(shù)據(jù)是否需要標(biāo)準(zhǔn)化的問題一.對(duì)于芯片數(shù)據(jù)： GEO中的Series Matrix File(s)通常是經(jīng)過了標(biāo)準(zhǔn)化和對(duì)數(shù)轉(zhuǎn)換的數(shù)據(jù)，但是不是所有的都是 具體判斷方法： 表達(dá)量是否需要重新標(biāo)準(zhǔn)化： 可...
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GEO，TCGA數(shù)據(jù)挖掘（連載中）
一，對(duì)GEO的簡單介紹，下載數(shù)據(jù) 個(gè)人認(rèn)為，對(duì)GEO那些復(fù)雜的介紹，我是根本記不住。所以我挑選了一些必須用到，容易記住和理解的知識(shí)給大家。 一：首先是對(duì)GSE，GSM , 和...
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TCGA和GEO套路文章解說文章，重在研究思路。有好的思路，才能有精彩的故事。很多時(shí)候，我們想找一個(gè)好點(diǎn)子，比如性狀，疾病相關(guān)的關(guān)鍵分子，需要設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)，做大量的分子篩選的工作，對(duì)于土豪實(shí)驗(yàn)室可以可以大把...
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知識(shí)分享| 轉(zhuǎn)錄組個(gè)性化分析(6）——WGCNA近年來，很多SCI高分文章中都使用了WGCNA，那么WGCNA是什么，它可以應(yīng)用于哪些研究方向，又如何進(jìn)行WGCNA分析，其分析結(jié)果如何看？現(xiàn)在就帶著這些問題，跟著小易...
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WGCNA的理論背景知識(shí)
WGCNA是一種從大量數(shù)據(jù)中挖掘module的算法，而這些module所包含的gene為一組表達(dá)模式類似或這說表達(dá)譜相似的基因，也就是相關(guān)或不相關(guān)。而正相關(guān)還是負(fù)相關(guān)可以由W...
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WGCNA關(guān)鍵模塊和hub基因篩選
WGCNA的理論背景知識(shí)[http://www.itdecent.cn/p/e102681ec979]WGCNA的詳細(xì)分析流程[https://www.jianshu.co...
