很多時(shí)候遇到的數(shù)據(jù)均為表達(dá)譜數(shù)據(jù),所以基因數(shù)量很多,需要用lasso回歸來篩選變量。一般都是使用R來實(shí)現(xiàn),下述代碼為篩選變量與篩選出來的變量做ROC曲線 有很多時(shí)候需要得到一...
1.什么是蛋白互作? 在轉(zhuǎn)錄調(diào)控相關(guān)的文獻(xiàn)中,我們經(jīng)常能夠看到這樣的蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)(proteinprotein interaction network,PPInetwo...
目標(biāo)二:數(shù)據(jù)預(yù)處理,探針I(yè)D轉(zhuǎn)換,探針去重1、數(shù)據(jù)預(yù)處理自動(dòng)log2化,解釋 以上代碼在GEO官網(wǎng)可查。 2、探針基因名轉(zhuǎn)換platformMap.txt中有常見的平臺(tái)各R注...
目標(biāo)一:下載GEO數(shù)據(jù),以GSE42872為例方法一:通過加裝GEOquery包,使用getGEO函數(shù)可以得到對(duì)應(yīng)GEO好的表達(dá)矩陣,注釋信息,樣本信息等。 此步驟Run后下...
幾乎每個(gè)做分子水平研究的老師,都會(huì)做分子機(jī)制,找到一個(gè)重要分子,研究其上下游調(diào)控機(jī)制。那么如何找到這個(gè)重要分子,如何找到該分子上下游的關(guān)聯(lián)分子呢?可以做各種細(xì)胞,動(dòng)物實(shí)驗(yàn)。本...
一.對(duì)于芯片數(shù)據(jù): GEO中的Series Matrix File(s)通常是經(jīng)過了標(biāo)準(zhǔn)化和對(duì)數(shù)轉(zhuǎn)換的數(shù)據(jù),但是不是所有的都是 具體判斷方法: 表達(dá)量是否需要重新標(biāo)準(zhǔn)化: 可...
一,對(duì)GEO的簡單介紹,下載數(shù)據(jù) 個(gè)人認(rèn)為,對(duì)GEO那些復(fù)雜的介紹,我是根本記不住。所以我挑選了一些必須用到,容易記住和理解的知識(shí)給大家。 一:首先是對(duì)GSE,GSM , 和...
文章,重在研究思路。有好的思路,才能有精彩的故事。很多時(shí)候,我們想找一個(gè)好點(diǎn)子,比如性狀,疾病相關(guān)的關(guān)鍵分子,需要設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn),做大量的分子篩選的工作,對(duì)于土豪實(shí)驗(yàn)室可以可以大把...
近年來,很多SCI高分文章中都使用了WGCNA,那么WGCNA是什么,它可以應(yīng)用于哪些研究方向,又如何進(jìn)行WGCNA分析,其分析結(jié)果如何看?現(xiàn)在就帶著這些問題,跟著小易...
WGCNA是一種從大量數(shù)據(jù)中挖掘module的算法,而這些module所包含的gene為一組表達(dá)模式類似或這說表達(dá)譜相似的基因,也就是相關(guān)或不相關(guān)。而正相關(guān)還是負(fù)相關(guān)可以由W...
WGCNA的理論背景知識(shí)[http://www.itdecent.cn/p/e102681ec979]WGCNA的詳細(xì)分析流程[https://www.jianshu.co...