最近很多博主捅了這篇Nature文章的窩了,它的富集分析展示很好,我們這里也復(fù)現(xiàn)一下(群主真容像彭于晏[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg...
最近很多博主捅了這篇Nature文章的窩了,它的富集分析展示很好,我們這里也復(fù)現(xiàn)一下(群主真容像彭于晏[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg...
如題,這個標題有點長,首先我們需要展示的圖是bipartite plot,中文有叫二分圖、連線圖的,總之就是展示兩組之間網(wǎng)絡(luò)關(guān)系。可以應(yīng)用的地方有很多,不只是我們介紹的互作關(guān)...
這個問題我們之前提到過,很多小伙伴可能看到某些文章中這樣的可視化,很感興趣,其實熟悉python分析的小伙伴一眼就可以看出是scanpy出圖,雖然R也能實現(xiàn)這樣的效果,但是自...
??scRNA矩陣存儲的文件格式有10X單細胞測序數(shù)據(jù)、h5、h5ad、loom:10X單細胞測序數(shù)據(jù)經(jīng)過cellranger處理后會得到矩陣的三個文件:matrix.mtx...
可以用于單細胞分析嗎?
R語言分析4:一致性聚類分析(ConsensusClusterPlus)一致性聚類是一種提供定量證據(jù)的方法,用以確定數(shù)據(jù)集中可能的聚類的成員及數(shù)量,例如微陣列基因表達。這種方法在癌癥基因組學(xué)中得到了廣泛應(yīng)用,以發(fā)現(xiàn)了新的疾病分子亞類。一致性聚類方...
ssGSEA是一種常用于免疫細胞浸潤分析的方法。該方法通過將每個樣本的基因表達數(shù)據(jù)與特定的基因集(免疫細胞基因集)進行比較,來估計該基因集在該樣本中的相對富集程度。 2. 使...
作者,Evil Genius 偷個懶,不看文章了,總結(jié)一下關(guān)于WGCNA的分析內(nèi)容。 WGCNA運用很廣,在文章中一般作為補充分析存在,例如下面的結(jié)果 還有單細胞空間聯(lián)合的W...
接上一篇,pySCENIC分析完之后就可以進行可視化[https://so.csdn.net/so/search?q=%E5%8F%AF%E8%A7%86%E5%8C%96&...
寫在前面 其實很多作者已經(jīng)探索的差不多了,相關(guān)腳本、教程也很多,但我還是自己系統(tǒng)的總結(jié)一下吧。有時候感覺是浪費時間,但是在寫的時候能發(fā)現(xiàn)并學(xué)習(xí)到很多新的知識,不斷記錄反思,也...
背景:單細胞ATAC分析流程介紹。 1.為什么做單細胞ATAC分析? 單細胞轉(zhuǎn)錄組分析的是單細胞分辨率上不同細胞之間的轉(zhuǎn)錄組(mRNA)差異,由中心法則可以知道,生物發(fā)生的過...
cellDancer:一種基于模型的深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)(DNN)框架 已知:mRNA的轉(zhuǎn)錄動力學(xué)由轉(zhuǎn)錄速率(α)、剪接速率(β)和降解速率(γ)決定,未剪接和剪接mRNA之間的平衡...