最近很多博主捅了這篇Nature文章的窩了，它的富集分析展示很好，我們這里也復(fù)現(xiàn)一下（群主真容像彭于晏[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg...
發(fā)簡信
IP屬地：浙江
-
復(fù)現(xiàn)Nature圖表：分組富集分析條形圖展示通路及基因 -
復(fù)現(xiàn)NC圖表：二分圖 (bipartite plot) 網(wǎng)絡(luò)繪制（三種方法）-應(yīng)用于細胞互作受配體展示-調(diào)控網(wǎng)絡(luò)展示等等如題，這個標題有點長，首先我們需要展示的圖是bipartite plot，中文有叫二分圖、連線圖的，總之就是展示兩組之間網(wǎng)絡(luò)關(guān)系。可以應(yīng)用的地方有很多，不只是我們介紹的互作關(guān)...
-
單細胞Seurat分析基本可視化實現(xiàn)python版Scanpy風格這個問題我們之前提到過，很多小伙伴可能看到某些文章中這樣的可視化，很感興趣，其實熟悉python分析的小伙伴一眼就可以看出是scanpy出圖，雖然R也能實現(xiàn)這樣的效果，但是自...
-
一網(wǎng)打盡scRNA矩陣格式讀取和轉(zhuǎn)化(h5 h5ad loom)??scRNA矩陣存儲的文件格式有10X單細胞測序數(shù)據(jù)、h5、h5ad、loom：10X單細胞測序數(shù)據(jù)經(jīng)過cellranger處理后會得到矩陣的三個文件：matrix.mtx...
-
可以用于單細胞分析嗎？
R語言分析4：一致性聚類分析（ConsensusClusterPlus）
一致性聚類是一種提供定量證據(jù)的方法，用以確定數(shù)據(jù)集中可能的聚類的成員及數(shù)量，例如微陣列基因表達。這種方法在癌癥基因組學(xué)中得到了廣泛應(yīng)用，以發(fā)現(xiàn)了新的疾病分子亞類。一致性聚類方...
-
R語言分析2-2：免疫浸潤分析（ssGSEA）ssGSEA是一種常用于免疫細胞浸潤分析的方法。該方法通過將每個樣本的基因表達數(shù)據(jù)與特定的基因集（免疫細胞基因集）進行比較，來估計該基因集在該樣本中的相對富集程度。 2. 使...
-
分析總結(jié)----WGCNA（scWGCNA & hdWGNCA）在單細胞空間數(shù)據(jù)分析中的運用作者，Evil Genius 偷個懶，不看文章了，總結(jié)一下關(guān)于WGCNA的分析內(nèi)容。 WGCNA運用很廣，在文章中一般作為補充分析存在，例如下面的結(jié)果 還有單細胞空間聯(lián)合的W...
-
單細胞 | pySCENIC·轉(zhuǎn)錄因子分析（二）接上一篇，pySCENIC分析完之后就可以進行可視化[https://so.csdn.net/so/search?q=%E5%8F%AF%E8%A7%86%E5%8C%96&...
-
生信 | ATAC-Seq基礎(chǔ)分析+高級分析+多組學(xué)分析寫在前面 其實很多作者已經(jīng)探索的差不多了，相關(guān)腳本、教程也很多，但我還是自己系統(tǒng)的總結(jié)一下吧。有時候感覺是浪費時間，但是在寫的時候能發(fā)現(xiàn)并學(xué)習(xí)到很多新的知識，不斷記錄反思，也...
-
單細胞ATAC分析標準流程（詳細版）背景：單細胞ATAC分析流程介紹。 1.為什么做單細胞ATAC分析？ 單細胞轉(zhuǎn)錄組分析的是單細胞分辨率上不同細胞之間的轉(zhuǎn)錄組（mRNA）差異，由中心法則可以知道，生物發(fā)生的過...
-
單細胞RNA速率（一）| cellDancercellDancer：一種基于模型的深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)（DNN）框架 已知：mRNA的轉(zhuǎn)錄動力學(xué)由轉(zhuǎn)錄速率（α）、剪接速率（β）和降解速率（γ）決定，未剪接和剪接mRNA之間的平衡...
