轉(zhuǎn)發(fā)自http://crickcollege.com/news/148.html 承前 小編很驚喜地看到，上一篇介紹蛋白質(zhì)組學(xué)統(tǒng)計(jì)學(xué)參數(shù)的推文在...
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2019-11-12 人氣推文p值、E值、FDR、q值…你暈菜了嗎？續(xù)集來啦！ -
FDR-P值是什么東西！
概念 FDR，Q value，adjust p valuep-value：衡量一次檢驗(yàn)假陽性率的指標(biāo)（False positive rate） ...
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使用pheatmap包繪制熱圖加載所需R包 設(shè)置工作路徑 構(gòu)建測試數(shù)據(jù)集 將熱圖結(jié)果按聚類后的順序輸出
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org.Hs.eg.db 包的使用jimmy布置的個(gè)R語言中級作業(yè)中提到了幾個(gè)R包，我查找了Bioconductor中org.Hs.eg.db包的使用說明書，為了自己更好的理解和...
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GSE83521/GSE89143去除批次效應(yīng)老大在群里出的題，說感覺這個(gè)熱圖很詭異，然后中間我自己沒有用boxplot查看數(shù)據(jù)的表達(dá)量，對于數(shù)據(jù)不能有正確的認(rèn)識，導(dǎo)致一開始的deg的log...
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【r<-生信|芯片分析】Bioconductor分析基因芯片數(shù)據(jù)我2017年用的域名失效了，我之前那個(gè)網(wǎng)站也沒用了，所以這篇文章之前提供的鏈接跳轉(zhuǎn)不過去。我現(xiàn)在直接在簡書提供全文，然后新的鏈接是：https:...
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用R分析芯片實(shí)戰(zhàn)（上）劉小澤寫于18.9.10實(shí)戰(zhàn)上從數(shù)據(jù)下載到差異基因的獲得、初步作圖實(shí)戰(zhàn)下進(jìn)行富集分析，使用數(shù)據(jù)庫進(jìn)行注釋在此感謝jimmy的limma包等教程 ...
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從 EBI ArrayExpress 獲取芯片數(shù)據(jù)
要說尋找公共芯片測序數(shù)據(jù)大家都知道上 GEO 查找，其實(shí) EBI 也有個(gè)叫 ArrayExpress 的網(wǎng)站(網(wǎng)址ArrayExpress < ...
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典型醫(yī)學(xué)設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)GEO數(shù)據(jù)分析 (step-by-step) - 數(shù)據(jù)獲取到標(biāo)準(zhǔn)化GEO是當(dāng)今最大、最全的公共基因數(shù)據(jù)資源庫，包括基因的表達(dá)、突變、修飾等信息，涵蓋幾乎所有的疾病，且單個(gè)實(shí)驗(yàn)檢測樣品數(shù)目較多，是我們分析、學(xué)習(xí)的...
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GEO數(shù)據(jù)分析中exprs提取表達(dá)矩陣，pData提取臨床信息
關(guān)于用getGEO下載數(shù)據(jù)后，會得到一個(gè)list，取出第一個(gè)列表中的元素后，再查看這第一個(gè)元素的數(shù)據(jù)類型后，發(fā)現(xiàn)他是一個(gè)對象（"Expressi...
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