導(dǎo)讀 PICRUSt (Phylogenetic Investigation of Communities by Reconstruction ...
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16S測序分析（六）用PICRUSt預(yù)測菌群KEGG代謝通路
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16S測序分析（五）用RandomForest尋找關(guān)鍵細(xì)菌導(dǎo)讀 用隨機(jī)森林“分類”的方法尋找16S測序數(shù)據(jù)中與分組有關(guān)的細(xì)菌。 一、數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 標(biāo)準(zhǔn)化細(xì)菌豐度表格式要求：不用放樣本ID；最后一列放分組變量...
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16S測序分析（四）用MaAsLin尋找組間差異細(xì)菌導(dǎo)讀 MaAsLin（Multivariate Analysis by Linear Models，多變量線性回歸模型）功能：相關(guān)性分析特點(diǎn)：多...
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16S測序分析（三）用LEfSe尋找組間差異細(xì)菌導(dǎo)讀 前面已經(jīng)介紹了獲取菌屬相對豐度表的方法，以及多樣性分析中的基本概念和計(jì)算方法。接下來將開始介紹一種尋找組間差異細(xì)菌的常用方法LEfSe。L...
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16S測序分析（二）菌群多樣性分析導(dǎo)讀 多樣性分析是16S測序分析中常見的分析方法。本文旨在向初學(xué)者介紹多樣性分析中alpha多樣性和beta多樣性的由來、概念、計(jì)算，以及展示“...
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16S測序分析（一）菌屬豐度表獲取導(dǎo)讀 Miseq 16S amplicon V3V4 PE300測序是目前菌群結(jié)構(gòu)譜研究最為常用的測序手段。本文將以此類測序的下機(jī)數(shù)據(jù)為例展示“...
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宏基因組數(shù)據(jù)分析流程代碼熊金波實(shí)驗(yàn)室出品 整理歸納：Larry 本次學(xué)習(xí)使用的服務(wù)器IP地址和其用戶名賬戶密碼如下： 地址：gs0.genek.tv 用戶名：u3276...
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宏基因組學(xué)是什么？16S 測序和宏基因組測序分析有哪些？宏基因組學(xué) 宏基因組學(xué)[https://baike.baidu.com/item/%E5%9F%BA%E5%9B%A0%E7%BB%84%E5%...
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【宏基因組入門教程】（一）
最近接手了宏基因項(xiàng)目，會在之后接著發(fā)一系列的宏基因組入門教程，學(xué)習(xí)資料大概來自國外的教程。感謝Harriet Alexander, Phil B...
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