測序上游分析系列： mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測序從raw reads到表達矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測序...
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TCGA數(shù)據(jù)差異分析后生存分析（批量單因素cox回歸/Lasso篩選，多因素cox建模，時間依賴ROC曲線及KM plot可視化） -
GEO、TCGA多數(shù)據(jù)庫聯(lián)合挖掘胰腺導(dǎo)管腺癌預(yù)后關(guān)鍵基因胰腺導(dǎo)管腺癌的五年生存率低于5%，是目前主要致死的癌癥之一。如何結(jié)合多個公開數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)分析和挖掘此類癌癥臨床診斷和預(yù)后的關(guān)鍵基因呢？這里就給大家...
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甲基化數(shù)據(jù)的下載和整理0.介紹 本文的數(shù)據(jù)出自2017年的一篇文章：Seven-CpG-based prognostic signature coupled with...
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甲基化芯片數(shù)據(jù)的差異分析火山圖有誤，已更新 前情提要 前面兩個步驟已經(jīng)完成了數(shù)據(jù)下載、探針過濾、數(shù)據(jù)質(zhì)控、樣本過濾。 此處需要補充兩個知識點： beta值的生物學意義 ...
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TCGA甲基化芯片數(shù)據(jù)質(zhì)控和過濾在step1中，我們獲得了TCGA中OSCC 的32個病人的T-N配對樣本和對應(yīng)的臨床信息,并將其組成了一個名為my_Load的ChAMP對象。...
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TCGA甲基化芯片數(shù)據(jù)的差異基因的生存分析與富集分析4.將差異甲基化位點拿來做批量生存分析 logrank test批量生存分析 這里和TCGA系列里的內(nèi)容是一樣的，詳見：兩種方法批量做生存分析 ...
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2020-01-07-TCGA之RTCGATCGA數(shù)據(jù)的另一個重要的包：RTCGA參考學習資料：TCGA之miRNA預(yù)測臨床表現(xiàn)RTCGA（1） 數(shù)據(jù)概況與數(shù)據(jù)下載RTCGA（2） 數(shù)據(jù)...
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功能強大的TCGA再分析平臺TCGA是研究腫瘤相關(guān)機制的重要資源。在線數(shù)據(jù)庫更新改版都比較快，使用時需要參照最新的線上數(shù)據(jù)教程。不過癌癥相關(guān)的數(shù)據(jù)庫操作起來也都比較類似，輸...
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手把手學會TCGA數(shù)據(jù)分析
在windows系統(tǒng)上進行TCGA數(shù)據(jù)的自定義分析，需要： 1，gdc-client，TCGA官網(wǎng)的下載工具專門用來下載TCGA中的數(shù)據(jù)； 2，...
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