前言 GATK是由Broad institute開發(fā)的用于變異檢測(例如: SNP, Indel等)高通量測序數(shù)據(jù). 目前GATK已經(jīng)被廣泛應(yīng)用...
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GATK Best Practices for RNA-Seq -
conda的安裝與使用 2.0版（2022-08-12更新）有很多的生信軟件都可以通過conda安裝，省去了很多的安裝、修bug的煩惱。經(jīng)常是安裝到崩潰的軟件，conda一行命令就搞定了。前兩天有個(gè)胖友問...
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NGS中的幾個(gè)為什么(持續(xù)更新)
參考試論NGS數(shù)據(jù)的Duplication問題初步分析PCR duplication的情況仔細(xì)探究samtools的rmdup是如何行使去除PC...
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ID轉(zhuǎn)換之---ID是什么,BioMart咋轉(zhuǎn)？ID轉(zhuǎn)換？系統(tǒng)了解下ID ENSEMBL ID五部分組成：ENS（物種）（對象類型）（標(biāo)識符）.（版本）第一部分“ENS”告訴您它是一個(gè)Ense...
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5 一步法找基因變異流程
1 先查看sam文件 隨機(jī)選擇3個(gè) 再看另外一個(gè)： 關(guān)于samtools mpileup的具體用法和結(jié)果解釋請看 2 最簡單的找變異流程 ali...
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ATAC-seq分析實(shí)操生信技能樹健明教程放在最前面的參考鏈接：給學(xué)徒的ATAC-seq數(shù)據(jù)實(shí)戰(zhàn)（附上收費(fèi)視頻) 數(shù)據(jù)來源的文章： The landscape of accessible...
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Bedtools使用歡迎關(guān)注天下博客：http://blog.genesino.com/2018/04/bedtools/Jump to... 內(nèi)容摘要 功能列表 ...
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WGS分析筆記（3）—— bam文件的處理??上一篇記錄了mapping這一步的軟件選擇，也講到了對于sam文件如何考慮MAPQ的過濾，這篇我主要想記錄一下bam文件在進(jìn)行call va...
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GATK4.0的更新從去年開始，就一直在使用GATK（GenomeAnalysisToolkit）進(jìn)行人類基因組的SNV Calling工作。后來從官網(wǎng)上得知即將有...
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GATK4全基因組數(shù)據(jù)分析最佳實(shí)踐,我以這篇文章為標(biāo)志,終結(jié)當(dāng)前WGS系列數(shù)據(jù)分析的流程主體問題 | 完全代碼這是我根據(jù)之前的WGS系列和GATK4實(shí)踐文章進(jìn)行重新梳理之后確定下來的分析流程，這是一個(gè)WGS的最佳實(shí)踐，它基于GATK4和我的實(shí)際經(jīng)驗(yàn)，稍作...
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