這個步驟推薦在R里面做，載入表達矩陣，然后設(shè)置好分組信息，統(tǒng)一用DEseq2進行差異分析，當然也可以走走edgeR或者limma的voom流程。...
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轉(zhuǎn)錄組入門（7）：差異表達分析 -
TCGA甲基化數(shù)據(jù)質(zhì)量控制和差異分析（使用ChAMP包）參考文章：1.甲基化芯片入門學習-ChAMP包（二）2.TCGA數(shù)據(jù)庫的癌癥甲基化芯片數(shù)據(jù)重分析3.TCGA甲基化芯片數(shù)據(jù)質(zhì)控和過濾4.甲基化芯...
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GEO數(shù)據(jù)庫視頻學習筆記（了解你的表達矩陣）繼續(xù)上一篇筆記，這一個視頻講的是對表達矩陣進行各種的探索，所以視頻的名稱就叫“了解你的表達矩陣”，視頻地址是：https://www.bilib...
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GEO數(shù)據(jù)庫視頻學習筆記（ID轉(zhuǎn)換）上一篇筆記記錄了如何下載芯片數(shù)據(jù)（GEO數(shù)據(jù)庫視頻學習筆記（芯片數(shù)據(jù)下載和數(shù)據(jù)讀?。?，這篇筆記繼續(xù)跟著視頻學習，視頻地址：here （一）如何...
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GEO數(shù)據(jù)庫視頻學習筆記（芯片數(shù)據(jù)下載和數(shù)據(jù)讀取）之前寫的的CHIP-seq和RNA-seq很多練習的數(shù)據(jù)都是從GEO數(shù)據(jù)庫下載的。但是從來沒有細致的了解過GEO這個數(shù)據(jù)庫。趁著還沒復工，再多學...
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腫瘤研究不能不知道的TCGA數(shù)據(jù)庫挖掘工具大全，TCGA再也不愁TCGA數(shù)據(jù)庫的挖掘工具層出不窮，從數(shù)據(jù)下載到數(shù)據(jù)挖掘，這里小編給大家整理一份官網(wǎng)的數(shù)據(jù)挖掘工具大全： 廣而告之 說一個事，鑒于簡書平臺在信息傳...
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R - 數(shù)據(jù)去重復
unique R語言unique(){base}可以用于單個列表去重復，但不適用與數(shù)據(jù)集。 duplicated duplicated (){b...
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GEO數(shù)據(jù)庫挖掘—生信技能樹B站視頻以下是B站生信技能樹GEO數(shù)據(jù)庫挖掘的課程筆記 主要內(nèi)容及學習目的： 介紹GEO數(shù)據(jù)庫：了解數(shù)據(jù)存放位置； 介紹GSE項目的3種下載方式； 介紹...
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質(zhì)控軟件 fastp
注：本文全文摘選自知乎：fastp: 一款超快速全功能的FASTQ文件自動化質(zhì)控+過濾+校正+預處理軟件 1引言 各位做生信的小伙伴都知道，對于...
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從官網(wǎng)上下載TCGA數(shù)據(jù)不知從TCGA下了多少次數(shù)據(jù)了，每次都像失憶了一樣重新研究……果然凡事都該動筆記下來 TAT本次以肝癌數(shù)據(jù)為例操作系統(tǒng)：MAC OS 1. 登陸...
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