小編發(fā)現(xiàn)我們經(jīng)常使用的TCGA數(shù)據(jù)庫，大概在2022年4月初進行了更新。以前RNAseq數(shù)據(jù)使用的是Htseq-counts，新版本中使用了ST...
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R代碼合并新版TCGA數(shù)據(jù)庫RNAseq表達譜數(shù)據(jù) -
TCGA數(shù)據(jù)庫悄咪咪更新了—RNAseq沒有HTSeq-Counts了前面小編給大家詳細介紹過TCGA這個數(shù)據(jù)庫，以及如何從這個數(shù)據(jù)庫下載，合并表達譜數(shù)據(jù)。然后做差異表達分析，以及構(gòu)建ceRNA網(wǎng)絡(luò)。 ?[http...
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IOBR:一個R包帶你走進數(shù)據(jù)挖掘的殿堂
鑒于前一段時間有小伙伴私聊 Immugent 說生信寶庫是不是專門只寫單細胞相關(guān)的推文呀，其實，這只是湊巧最近發(fā)的都是單細胞相關(guān)的。雖然近幾年產(chǎn)...
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MOVICS系列教程(三) RUN Module
前言 通過學(xué)習(xí)前面幾個模塊，我們已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了基于多組學(xué)數(shù)據(jù)找出的乳腺癌各亞型間具有非常顯著的分子差異，而我們?nèi)绻肷钊胪诰蚱浔澈髾C制，就需要找出差...
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照葫蘆畫圖之PcoA
說在前面 Immugent在之前一篇推文照葫蘆畫圖之PCA[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4MjY5O...
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可能是下載公共數(shù)據(jù)fastq.gz最快的方法【new】參考： 批量下載SRR數(shù)據(jù)從NCBI-SRA和EBI-ENA數(shù)據(jù)庫下載數(shù)據(jù) 最近下載了一些比較大數(shù)據(jù)，自己感覺下載公共數(shù)據(jù)，最快的方法用ascp...
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neoantigen計算機預(yù)測的一般流程簡介
首先,簡單介紹一下新抗原(neoantigen)的含義,它是腫瘤細胞特異性表達而正常細胞(除了睪丸之外)的一種抗原性多肽, 它能被免疫系統(tǒng)的T細...
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腫瘤新生抗原預(yù)測軟件和參數(shù)選擇癌癥疫苗靶向腫瘤細胞的抗原可以大致分為兩類：腫瘤相關(guān)性抗原（tumor-associatied self-antigen）以及腫瘤特異性抗原（t...
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TCGAbiolinks全解析
部分一 第一步、數(shù)據(jù)下載階段 第二步：GDCdownload()下載GDCquery()得到的結(jié)果 第三步、數(shù)據(jù)處理 第四步：TCGAanaly...
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TCGA 拷貝數(shù)變異（CNV）分析背景 查看某些基因在特定癌癥里是不是發(fā)生了拷貝數(shù)變異。 最簡單的方法 直接去一些分析網(wǎng)站上查看，當(dāng)然也有一些弊端，例如數(shù)據(jù)更新滯后，沒有給出明確...
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