0.準(zhǔn)備輸入數(shù)據(jù) 可以是矩陣 行是一邊，列是一邊，矩陣正文的數(shù)字表示連接的強(qiáng)度。 可以是tidy數(shù)據(jù)框 一行是一個(gè)連接關(guān)系，第一列和第二列是要連...
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弦圖，管他中不中用，反正高大上 -
想自己搭建服務(wù)器，永久運(yùn)行網(wǎng)站？一個(gè) U 盤大小的樹莓派就夠了！
No.1 前言 由于本人在這段時(shí)候，看到了一個(gè)叫做樹莓派的東東，初步了解之后覺(jué)得很有意思，于是想把整個(gè)過(guò)程記錄下來(lái)。 No.2 樹莓派是什么？ ...
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使用IGV簡(jiǎn)單繪制甲基化分布圖廢話不多說(shuō)，直接簡(jiǎn)單粗暴的開始吧 導(dǎo)入基因組 導(dǎo)入基因組文件：Genomes→load geome from file→選擇"reference...
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群體結(jié)構(gòu)——PCA分析概念 PCA（principal components analysis）即主成分分析。主成分分析也稱主分量分析，旨在利用降維的思想，把多指標(biāo)轉(zhuǎn)...
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計(jì)算bam文件中比對(duì)上基因組的reads以及合并多個(gè)bam文件
參考文章：1.如何統(tǒng)計(jì)BAM文件中的reads數(shù)2.Samtools常用命令的總結(jié) 當(dāng)你有很多個(gè)bam文件時(shí)，想知道這些bam文件里有多少個(gè)比對(duì)...
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序列比對(duì)后計(jì)算變異位點(diǎn)，有效位點(diǎn)，核苷酸多樣性variable sites informative sites nucleotide diversity 信息位點(diǎn)的定義：在兩個(gè)及以上分類單元...
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讀文章重復(fù)結(jié)果：使用DnaSp軟件計(jì)算核苷酸多態(tài)性Pi(nucleotide diversity)
葉綠體基因組的文章中通常會(huì)有一小部分內(nèi)容是運(yùn)用DnaSp軟件來(lái)進(jìn)行核苷酸多態(tài)性π分析，斷斷續(xù)續(xù)看了也好長(zhǎng)時(shí)間了，今天終于重復(fù)出了結(jié)果，簡(jiǎn)單記錄自...
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根據(jù)vcf文件計(jì)算SNP密度并用circlize可視化結(jié)果參考 收集vcftools所有用法 命令 100000 是指定窗口長(zhǎng)度--out 是輸出文件的前綴 使用R語(yǔ)言中的circlize包畫圖 參考 ...
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全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）學(xué)習(xí)筆記——3.1參考資料 https://github.com/MareesAT/GWA_tutorial/ 全基因組關(guān)聯(lián)分析學(xué)習(xí)資料（GWAS tutoria...
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如何利用NR庫(kù)快速進(jìn)行物種鑒定
作者：charon審稿：童蒙編輯：angelica 引言 在做基因或者蛋白質(zhì)功能注釋的時(shí)候，NR數(shù)據(jù)庫(kù)包含非常重要的信息。但是有沒(méi)有人跟我一樣遇...
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