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在微生態(tài)研究中，當(dāng)我們做完16S或宏基因組測序等多樣性測序后，想找出不同處理組之間差異物種或差異基因，一般常用的組間差異分析metastats（...

FAPROTAX是一款適用于對環(huán)境樣本（如海洋、湖泊等）的生物地球化學(xué)循環(huán)過程（特別是碳、氫、氮、磷、硫等元素循環(huán)）進行功能注釋預(yù)測的軟件。我們...

網(wǎng)絡(luò)分析背景知識 圖是一種數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu) 圖結(jié)構(gòu)：是研究數(shù)據(jù)元素之間的多對多的關(guān)系。在這種結(jié)構(gòu)中，任意兩個元素之間可能存在關(guān)系。即結(jié)點之間的關(guān)系可以是...

介紹 三元圖通常用于三組數(shù)據(jù)兩兩比較，可以展示三組間的相對基因表達或者物種豐度等。 三元圖是重心圖的一種，它有三個變量，但需要三者總和為恒定值...

經(jīng)過前面幾節(jié)的原始數(shù)據(jù)處理過程，得到了可以用于分析的數(shù)據(jù)，現(xiàn)在讓我們開始微生物組數(shù)據(jù)分析可視化的第一步，繪制Alpha多樣性指數(shù)圖，喜歡的小伙伴...

在之前的幾篇文章里，介紹了如何整合dada2的分析結(jié)果，并且已經(jīng)通過MicrobiotaProcess包轉(zhuǎn)化為了phyloseq對象，接下來先讓...

phyloseq: 擴增子統(tǒng)計分析利器 phyloseq包對多類型數(shù)據(jù)的綜合軟件，并其對這些數(shù)據(jù)提供統(tǒng)計分析和可視化方法。 介紹 ??微生物數(shù)據(jù)...

導(dǎo)讀 宏基因組分析分為物種分析和功能分析兩大塊。物種組成分析是物種分析中最基本最常見的分析方法。利用R語言堆疊圖，我們可以將一個項目中所有樣品的...

常見的堆砌條形圖看膩了，試試沖積條形吧??！ 參考： 數(shù)據(jù)鏈接： 提取碼: ejrr

1. 背景介紹 關(guān)于繪制臨床研究報告中亞組分析的森林圖，我過去幾乎試過了所有可能的工具，最早用繪制meta分析森林圖的方法繪制臨床研究亞組分析森...