老規(guī)矩，先奉上學(xué)習(xí)資料鏈接： https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/...
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2023-MutationalPatterns包學(xué)習(xí)筆記（一） -
跟著NC做基因組數(shù)據(jù)分析本期內(nèi)容為[跟著NC做基因組數(shù)據(jù)分析]，這是你需要的教程，對(duì)你一定有幫助。 前言今天花費(fèi)找文章，看到一篇關(guān)于基因組，組裝的文章，主要是里面的圖吸...
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外顯子WES數(shù)據(jù)檢測(cè)CNV方法梳理與軟件匯總總結(jié)（看的有限）： 1. 大部分方法為基于深度（劃分區(qū)間檢測(cè)）的方法（FPKM、區(qū)域堿基數(shù)的類似FPKM算法）。 2.大部分軟件會(huì)使用對(duì)照樣本作...
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用R語言對(duì)vcf文件進(jìn)行數(shù)據(jù)挖掘.5 vcf可視化1目錄 前言[http://www.itdecent.cn/p/729673778e43] 方法簡(jiǎn)介[https://www.jianshu.c...
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取兩個(gè)VCF的差集
參考：https://www.biostars.org/p/113509/#113509[https://www.biostars.org/p/...
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家系分析軟件匯總
作者：charon審稿：童蒙編輯：amethyst 二代測(cè)序技術(shù)蓬勃發(fā)展，已經(jīng)用于臨床上輔助疾病診斷，利用二代測(cè)序數(shù)據(jù)挖掘孟德爾遺傳病相關(guān)的基因...
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單個(gè)vcf文件轉(zhuǎn)maf文件，單樣本maf合并成多樣本maf文件在網(wǎng)上偶然看見了maftools，想用自己的vcf文件嘗試，因此在網(wǎng)上找了教程來進(jìn)行這一轉(zhuǎn)換。 本文章旨在解決兩個(gè)問題，一，vcf 轉(zhuǎn)maf過程...
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如何用Conda安裝GATK？劉小澤寫于2020.9.2現(xiàn)在conda的使用越來越方便，用的人也越來越多，就是因?yàn)閷W(xué)習(xí)成本簡(jiǎn)單，比較容易上手，并且不需要root權(quán)限以及修改b...
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neoantigen計(jì)算機(jī)預(yù)測(cè)的一般流程簡(jiǎn)介
首先,簡(jiǎn)單介紹一下新抗原(neoantigen)的含義,它是腫瘤細(xì)胞特異性表達(dá)而正常細(xì)胞(除了睪丸之外)的一種抗原性多肽, 它能被免疫系統(tǒng)的T細(xì)...
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腫瘤新生抗原預(yù)測(cè)軟件和參數(shù)選擇癌癥疫苗靶向腫瘤細(xì)胞的抗原可以大致分為兩類：腫瘤相關(guān)性抗原（tumor-associatied self-antigen）以及腫瘤特異性抗原（t...
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