今天介紹如下三點(diǎn)內(nèi)容: PCA是如何計(jì)算的 如何計(jì)算每個(gè)PC所能解釋的方差 特征值與PC解釋方差比例的關(guān)系 1. 使用R語(yǔ)言自帶函數(shù)prcomp...
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PCA計(jì)算原理（超簡(jiǎn)單，R代碼） -
GWAS基石---混合線性模型??使用混合線性模型（linear mixed model)做GWAS可以有效校正群體結(jié)構(gòu)和群體內(nèi)復(fù)雜的親緣關(guān)系。因此，目前絕大多數(shù)的GWAS都...
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使用GEMMA進(jìn)行復(fù)雜性狀全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS)GEMMA（Genome-wide Efficient Mixed Model Association algorithm）是一款基于混合線性模...
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使用qqman包繪制曼哈頓圖和QQ圖安裝并加載所需R包 基本數(shù)據(jù)格式：SNP名稱，所在染色體，SNP位置，Pvalue值 繪制曼哈頓圖 基本使用 常用參數(shù) 默認(rèn)繪圖 繪制QQ圖 默認(rèn)繪圖
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關(guān)于全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）
全基因組關(guān)聯(lián)分析是一種在人類或動(dòng)植物全基因組中尋找變異序列的方法，全英文名為Genome-wide association study，縮寫(xiě)名為...
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全基因組數(shù)據(jù)分析完整流程+外顯子測(cè)序數(shù)據(jù)分析例子但如果沒(méi)條件的話，可以嘗試?yán)矛F(xiàn)有的數(shù)據(jù)（比如：千人基因組項(xiàng)目，GIAB http://jimb.stanford.edu/giab/等）復(fù)現(xiàn)它...
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繪制 SNP 密度圖一般使用 CMplot 繪制SNP密度圖：包鏈接：https://github.com/YinLiLin/R-CMplot 要繪制 SNP 密度...
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2018-10-31 GWAS實(shí)戰(zhàn)（三）plink 進(jìn)階之認(rèn)識(shí)常用文件格式學(xué)會(huì)了基本的plink之后，就要開(kāi)始學(xué)習(xí)了解輸入文件的格式了。詳細(xì)的格式建議看官網(wǎng)因?yàn)橹耙约敖佑|過(guò)幾次，這里來(lái)個(gè)詳細(xì)的歸總主要認(rèn)識(shí) ped m...
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2018-11-01GWAS實(shí)戰(zhàn)（四）plink 進(jìn)階之?dāng)?shù)據(jù)過(guò)濾數(shù)據(jù)好不好，影響到結(jié)果的準(zhǔn)確性，所以我們要來(lái)對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行過(guò)濾，過(guò)濾前，我們應(yīng)該對(duì)數(shù)據(jù)的部分特征進(jìn)行統(tǒng)計(jì)描述，以此為依據(jù)來(lái)進(jìn)行過(guò)濾。 這里介紹的幾個(gè)...
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2018-11-02 GWAS實(shí)戰(zhàn)（五）plink 進(jìn)階之?dāng)?shù)據(jù)過(guò)濾一條命令
之前講了太多的很細(xì)的數(shù)據(jù)分析和過(guò)濾，在實(shí)戰(zhàn)中，一般可以把命令寫(xiě)在一起。 這張圖片對(duì)比了數(shù)據(jù)summary和數(shù)據(jù)過(guò)濾的命令之間的差異。 對(duì)于我們自...
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