前言——主要內(nèi)容 這篇筆記是StatQuest系列筆記的第63節(jié)，這篇筆記跳過(guò)59節(jié)，60節(jié)，61節(jié)主要是因?yàn)榈?3節(jié)的內(nèi)容是講RPKM，F(xiàn)PK...
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StatQuest學(xué)習(xí)筆記24——RPKM FPKM TPM
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reads計(jì)數(shù)原理及featureCounts統(tǒng)計(jì)counts后的cpm和tpm計(jì)算摘錄：生信技能樹(shù)論壇 Kai statquest 要求：實(shí)現(xiàn)這個(gè)功能的軟件也很多，還是煩請(qǐng)大家先自己搜索幾個(gè)教程，入門(mén)請(qǐng)統(tǒng)一用htseq-cou...
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RNAseq01(hisat2-stringtie-ballgown/featureCounts)
1. Hisat2-featureCounts流程 1.1 shell-script001<hisat2_featureCounts.sh> 1...
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從spike-in到DESeq2：文庫(kù)normalization
寫(xiě)在前面的廢話(huà) 最近在處理一批RNA-seq的數(shù)據(jù)，里面混入了spike-in。利用spike-in矯正之后，樣本A的基因表達(dá)量普遍比樣本B的基...
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MAIT-液質(zhì)聯(lián)用代謝組學(xué)數(shù)據(jù)分析全能包@我的博客：有味 導(dǎo)讀 目前用于代謝組學(xué)數(shù)據(jù)的液相色譜和質(zhì)譜分析的工具只涵蓋有限的處理步驟，而在線(xiàn)工具很難以可編程的方式使用。這篇文章作者給我們...
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單細(xì)胞測(cè)序（scRNA-seq）通關(guān)||數(shù)據(jù)處理必知必會(huì)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析系列教程 sc-RAN-seq 數(shù)據(jù)分析||Seurat新版教程:Guided Clustering Tutorial[ht...
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R包——maftools 可視化神器背景介紹 隨著癌癥基因組學(xué)的進(jìn)步，突變注釋格式（MAF）被廣泛接受并用于存儲(chǔ)檢測(cè)到的體細(xì)胞變體。 癌癥基因組圖譜項(xiàng)目對(duì)30多種不同的癌癥進(jìn)行了測(cè)...
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無(wú)生物學(xué)重復(fù)RNA-seq分析 CORNAS: coverage-dependent RNA-Seq analysis of gene expression data without biol...無(wú)生物學(xué)重復(fù)RNA-seq分析 CORNAS: coverage-dependent RNA-Seq analysis of gene expr...
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轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)五（reads比對(duì)）
轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)一（軟件安裝） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)二（數(shù)據(jù)下載） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)三（數(shù)據(jù)質(zhì)控） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)四（參考基因組及gtf注釋探究） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)五（...
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hisat2:比對(duì)基因組工具簡(jiǎn)介-轉(zhuǎn)載原文鏈接：hisat2:比對(duì)基因組工具簡(jiǎn)介_(kāi)生信修煉手冊(cè)_傳送門(mén) 由于測(cè)序儀機(jī)器讀長(zhǎng)的限制，在構(gòu)建文庫(kù)的過(guò)程中首先需要將DNA片段化，測(cè)序得到的...
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