生物質(zhì)譜法是蛋白質(zhì)組學(xué)研究中最常用的方法，作為蛋白質(zhì)組學(xué)研究中的扛把子，它具有高分辨率、高靈敏度、高準(zhǔn)確度、鑒定蛋白質(zhì)翻譯后修飾位點(diǎn)等優(yōu)點(diǎn)。但對(duì)...
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Olink蛋白質(zhì)組—初見(jiàn) -
轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析—Count轉(zhuǎn)換為FPKM或TPM
Count：高通量測(cè)序中比對(duì)到exon上的reads數(shù)?？梢允褂胒eatureCounts、HTseq-count等軟件進(jìn)行計(jì)算 FPKM：全稱...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析—PPI網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建在得到我們感興趣的基因集后，除了對(duì)其進(jìn)行GO等富集分析查看與什么重要的生物學(xué)通路相關(guān)，還可以進(jìn)行PPI蛋白互作網(wǎng)絡(luò)（PPI, Protein-P...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析—clusterProfiler富集分析差異分析之后，為了了解我們獲取的差異基因的功能及參與的生物學(xué)進(jìn)程，我們需要對(duì)差異基因進(jìn)行功能富集分析?；蚋患治觯╣ene set enric...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析—DEseq2差異分析轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的目的之一，就是探索組間顯著表達(dá)變化的基因——差異表達(dá)基因。那么，如何基于轉(zhuǎn)錄組測(cè)序獲得的定量表達(dá)值，識(shí)別差異表達(dá)變化的基因或其它非編...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析—Salmon定量salmon是一款不基于比對(duì)而直接對(duì)基因進(jìn)行定量的工具，適用于轉(zhuǎn)錄組、宏基因組等分析。其優(yōu)勢(shì)是： 定量時(shí)考慮到不同樣品中基因長(zhǎng)度的改變（比如不同...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析—HTseq定量HTSeq作為一款可以處理高通量數(shù)據(jù)的python包，由Simon Anders, Paul Theodor Pyl, Wolfgang Hub...
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如何鑒定數(shù)據(jù)的建庫(kù)方式（鏈特異性或非鏈特異性）
來(lái)自SRA的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，很多文章方法描述簡(jiǎn)單，無(wú)法判斷是否為鏈特異性數(shù)據(jù)，導(dǎo)致在mapping和raw reads count時(shí)參數(shù)不知如何選擇...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析—STAR比對(duì)最近使用了另一個(gè)很火的比對(duì)軟件：STAR。STAR在比對(duì)速度上勝過(guò)其他比對(duì)器50多倍，在一個(gè)普通的12核服務(wù)器上，每小時(shí)比對(duì)5.5億2 x 76...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析—Hisat2比對(duì)
Hisat2與STAR一樣，是一款比對(duì)軟件。它使用了基于BWT和Ferragina-manzini (Fm) index 兩種算法的索引框架。H...
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