生物質(zhì)譜法是蛋白質(zhì)組學(xué)研究中最常用的方法,作為蛋白質(zhì)組學(xué)研究中的扛把子,它具有高分辨率、高靈敏度、高準(zhǔn)確度、鑒定蛋白質(zhì)翻譯后修飾位點(diǎn)等優(yōu)點(diǎn)。但對(duì)...
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生物質(zhì)譜法是蛋白質(zhì)組學(xué)研究中最常用的方法,作為蛋白質(zhì)組學(xué)研究中的扛把子,它具有高分辨率、高靈敏度、高準(zhǔn)確度、鑒定蛋白質(zhì)翻譯后修飾位點(diǎn)等優(yōu)點(diǎn)。但對(duì)...
Count:高通量測(cè)序中比對(duì)到exon上的reads數(shù)??梢允褂胒eatureCounts、HTseq-count等軟件進(jìn)行計(jì)算 FPKM:全稱...
在得到我們感興趣的基因集后,除了對(duì)其進(jìn)行GO等富集分析查看與什么重要的生物學(xué)通路相關(guān),還可以進(jìn)行PPI蛋白互作網(wǎng)絡(luò)(PPI, Protein-P...
差異分析之后,為了了解我們獲取的差異基因的功能及參與的生物學(xué)進(jìn)程,我們需要對(duì)差異基因進(jìn)行功能富集分析?;蚋患治觯╣ene set enric...
轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的目的之一,就是探索組間顯著表達(dá)變化的基因——差異表達(dá)基因。那么,如何基于轉(zhuǎn)錄組測(cè)序獲得的定量表達(dá)值,識(shí)別差異表達(dá)變化的基因或其它非編...
salmon是一款不基于比對(duì)而直接對(duì)基因進(jìn)行定量的工具,適用于轉(zhuǎn)錄組、宏基因組等分析。其優(yōu)勢(shì)是: 定量時(shí)考慮到不同樣品中基因長(zhǎng)度的改變(比如不同...
HTSeq作為一款可以處理高通量數(shù)據(jù)的python包,由Simon Anders, Paul Theodor Pyl, Wolfgang Hub...
來(lái)自SRA的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),很多文章方法描述簡(jiǎn)單,無(wú)法判斷是否為鏈特異性數(shù)據(jù),導(dǎo)致在mapping和raw reads count時(shí)參數(shù)不知如何選擇...
最近使用了另一個(gè)很火的比對(duì)軟件:STAR。STAR在比對(duì)速度上勝過(guò)其他比對(duì)器50多倍,在一個(gè)普通的12核服務(wù)器上,每小時(shí)比對(duì)5.5億2 x 76...
Hisat2與STAR一樣,是一款比對(duì)軟件。它使用了基于BWT和Ferragina-manzini (Fm) index 兩種算法的索引框架。H...