最近文章要求原始數(shù)據(jù)上傳NCBI數(shù)據(jù)庫，小白摸索了一路總算有了點(diǎn)認(rèn)識哈哈~寫下來當(dāng)做筆記。 1.賬號 首先我們要登錄NCBI網(wǎng)站，見圖1右上角，...
投稿
收錄了40篇文章 · 5人關(guān)注
-
NCBI數(shù)據(jù)庫Fastq原始序列上傳和登錄號獲取 -
【比較基因組】共線性分析（JCVI）比較基因組學(xué)中，共線性的分析的圖無疑是很漂亮的。 共線性分析可以很好地解釋進(jìn)化關(guān)系和多倍化事件。上一篇介紹了怎么利用MCScanX來做共線性分析...
-
GTF與GFF文件格式的區(qū)別與轉(zhuǎn)換
GTF與GFF文件都是用于存儲注釋信息的文本類型，經(jīng)?？梢钥吹蕉吒袷街g的相互轉(zhuǎn)換。二者的名字相似，連內(nèi)容都極為相似，那么二者的差異究竟在哪里...
-
R語言里做基因組共線性可視化R包~GENESPACE論文 GENESPACE: syntenic pan-genome annotations for eukaryotes https://www...
-
BUSCO評估基因組組裝和完整性BUSCO是Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs（通用單拷貝同源基因基準(zhǔn)）的縮寫，基于基因進(jìn)...
-
mcmctree估算物種分歧時(shí)間推斷物種系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系以及分歧時(shí)間對探討物種起源與演化具有重要意義。通過最大似然法（ML）構(gòu)建物種進(jìn)化樹以及估算物種分化時(shí)間在比較基因組學(xué)的研究進(jìn)...
-
基于參考基因組的基因組組裝和注釋
將基因組組裝到染色體水平無非就是兩種方式： 獨(dú)立組裝（de novo）； 基于參考基因組的組裝（reference-guided），即基于近緣或...
-
利用3D-DNA掛載基因組使用二代數(shù)據(jù)或三代數(shù)據(jù)得到contig后，下一步就是將contig提升到染色體水平。對于二倍體物種而言，目前3D-DNA應(yīng)該是組裝效果最好的一個(gè)...
-
HiC-Pro: Hi-C數(shù)據(jù)預(yù)處理高效工具
本文可在 http://xuzhougeng.top/archives/hic-pro-an-optimized-and-flexible-pi...
-
最詳細(xì)的HiC-Pro使用記錄及結(jié)果解讀Hi-C技術(shù)通過交聯(lián)等實(shí)驗(yàn)步驟獲得空間上相連的DNA片段，即物理位置上較遠(yuǎn)的DNA片段之間的互作信息。根據(jù)染色體內(nèi)部的互作概率顯著高于染色體之間...
{var%20f='http://v.t.sina.com.cn/share/share.php?appkey=1881139527',u=z||d.location,p=['&url=',e(u),'&title=',e(t||d.title),'&source=',e(r),'&sourceUrl=',e(l),'&content=',c||'gb2312','&pic=',e(p||'')].join('');function%20a(){if(!window.open([f,p].join(''),'mb',['toolbar=0,status=0,resizable=1,width=440,height=430,left=',(s.width-440)/2,',top=',(s.height-430)/2].join('')))u.href=[f,p].join('');};if(/Firefox/.test(navigator.userAgent))setTimeout(a,0);else%20a();})(screen,document,encodeURIComponent,'','','https://upload.jianshu.io/collections/images/1984330/2.jpg', '推薦專題《全基因組分析相關(guān)》（ 分享自 @簡書 ）','http://www.itdecent.cn/c/3a0e60ec819e?utm_campaign=maleskine&utm_content=collection&utm_medium=reader_share&utm_source=weibo','頁面編碼gb2312|utf-8默認(rèn)gb2312'));){kind=link}