將基因組組裝到染色體水平無非就是兩種方式： 獨(dú)立組裝（de novo）； 基于參考基因組的組裝（reference-guided），即基于近緣或...
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基于參考基因組的基因組組裝和注釋
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02-Hi-C輔助基因組安裝基因組組裝 基因組是怎么組裝的，目前的方法有什么局限性？為什么要進(jìn)行基因組組裝？是因?yàn)槟壳暗臏y(cè)序方法，無論是一代、二代、三代都是借助于全基因組鳥...
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NECAT: Nanopore數(shù)據(jù)的高效組裝工具NECAT是肖傳樂老師團(tuán)隊(duì)開發(fā)的一個(gè)針對(duì)Nanopore數(shù)據(jù)組裝的軟件，目前該工具尚未發(fā)表，除了https://github.com/xiaoc...
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使用NextDenovo組裝Nanopore數(shù)據(jù)
NextDenovo是武漢未來組胡江博士團(tuán)隊(duì)開發(fā)的一個(gè)三代組裝工具，能夠用于PacBio和Nanopore數(shù)據(jù)的組裝。但是從官方的介紹而言，此工...
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「三代組裝」使用新版Falcon進(jìn)行三代測(cè)序基因組組裝這里的新版指的是PacBio公司在2018年9月發(fā)布pb-assembly, 而這篇文章是在2018年9月30日發(fā)的。 今年早些時(shí)候在參加三代培...
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「三代組裝」使用Canu對(duì)三代測(cè)序進(jìn)行基因組組裝Canu簡介 目前Canu已經(jīng)更新到2.0版本，本文用的是Cau1.6版本，一些參數(shù)可能存在變動(dòng)，請(qǐng)注意分辨。 Canu是Celera的繼任者，...
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基因組組裝結(jié)果中去除細(xì)胞器序列
如果沒有該基因組細(xì)胞器序列，需要先組裝細(xì)胞器序列，再比對(duì)去除 如果有了該基因組的細(xì)胞器基因組（如公開數(shù)據(jù)庫可獲?。?，通過比對(duì)去除 細(xì)胞器基因組組...
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生信小白學(xué)習(xí)系列：如何進(jìn)行基因組組裝？(1)
隨著測(cè)序的發(fā)展，越來越多的生物體被進(jìn)行基因組進(jìn)行測(cè)序，這些測(cè)序的reads，再被用于組裝或者其它相關(guān)的研究?；蚪M序列組裝是一個(gè)研究的起點(diǎn)，如果...
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生信小白組裝學(xué)習(xí)系列：初識(shí)Canu與其組裝實(shí)戰(zhàn)訓(xùn)練(3)
隨著技術(shù)的進(jìn)步，還有各種流程工具的推出，三代測(cè)序PacBio和Nanopore在測(cè)序，還有基因組研究中越來越扮演著角色。掌握一些三代技術(shù)組裝的知...
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「三代組裝」使用Falcon對(duì)三代測(cè)序進(jìn)行基因組組裝Falcon是PacBio公司開發(fā)的用于自家SMRT產(chǎn)出數(shù)據(jù)的基因組組裝工具。Falcon分為三個(gè)部分： HGAP：PacBio最先開發(fā)的工具，...
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