本節(jié)概覽1. WGCNA基本概念：定義、關(guān)鍵術(shù)語、基本流程、一些注意事項2. WGCNA運行：?輸入數(shù)據(jù)準備①判斷數(shù)據(jù)質(zhì)量，繪制樣品的系統(tǒng)聚類樹...
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RNA-seq入門實戰(zhàn)（十一）：WGCNA加權(quán)基因共表達網(wǎng)絡(luò)分析——關(guān)聯(lián)基因模塊與表型 -
構(gòu)建自己物種的orgDb
1.首先安裝eggnog-mapper軟件 注釋所需要的物種數(shù)據(jù)庫網(wǎng)址如下，同時也可以用里面的腳本download_eggnog_data.py...
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自己構(gòu)建物種包OrgDb，然后用clusterProfiler富集分析
利用clusterProfiler進行富集分析時，發(fā)現(xiàn)網(wǎng)上沒有物種包OrgDb，利用網(wǎng)上教程構(gòu)建了一個。主要參考了劉小澤的簡書，特別感謝一下！！...
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RNA-seq入門實戰(zhàn)（七）：GSEA——基因集富集分析本節(jié)概覽：1.GSEA簡單介紹2.創(chuàng)建GSEA分析所需的geneList，包含log2FoldChange和ENTREZID信息3.利用clus...
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RNA-seq入門實戰(zhàn)（八）：GSVA——基因集變異分析本節(jié)概覽：1.GSVA簡單介紹2.基因集的下載讀取: 手動與msigdbr包下載3.GSVA的運行4.limma差異分析5.GSVA結(jié)果可視化：...
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[富集分析] 4、clusterprofile富集分析--多組設(shè)計的富集及可視化1、富集分析的背景知識 - 簡書 (jianshu.com)[http://www.itdecent.cn/p/0b938d0e652c]2、...
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STEP6:WGCNA相關(guān)性分析因為樣本數(shù)量比較可觀，所以可以進行WGCNA分析。這里是并不需要選取所有的基因來做WGCNA分析，挑選的標準可以是top變異程度大的基因集合，或...
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轉(zhuǎn)錄組DEGs聚類熱圖和功能富集分析寫在前面：經(jīng)常做轉(zhuǎn)錄組分析，就是把差異基因搞個火山圖和Venn圖看各組差異基因的共有和特有情況?？匆娪袀€比較好的選擇，能直觀比較各種處理帶來的影...
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高通量測序數(shù)據(jù)處理學(xué)習(xí)記錄（四）：DeepTools學(xué)習(xí)筆記前言 開題啦，所以需要整合自己之前處理過的數(shù)據(jù)包括可視化作圖，在GALAXY上翻到DeepTools正好有著一點用處，適當(dāng)?shù)母懔艘徊ㄊ虑?，順帶?..
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eggnog-mapper注釋結(jié)果COG functional categories頻數(shù)統(tǒng)計首先下載COG functional categories代碼對應(yīng)的功能描述信息 fun2003-2014.tab，文件位于COGS數(shù)據(jù)庫中。 ...
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