看到了jimmy老師的下述文章，才發(fā)現(xiàn)之前寫的RNAseq實(shí)戰(zhàn)還漏了個(gè)轉(zhuǎn)錄因子富集分析：常規(guī)轉(zhuǎn)錄差異建議都加上一個(gè)轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù) (qq.com)...
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轉(zhuǎn)錄因子富集分析 RcisTarget 2022-06-22 -
RNA-seq入門實(shí)戰(zhàn)（十）：PPI蛋白互作網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建（下）——Cytoscape軟件的使用本節(jié)概覽：1. Cytoscape 軟件基本介紹2. 數(shù)據(jù)導(dǎo)入：蛋白互作節(jié)點(diǎn)信息導(dǎo)入、其他注釋信息的導(dǎo)入3. PPI網(wǎng)絡(luò)圖繪制：?選取部分節(jié)點(diǎn)展...
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理論 | edgeR -- TMM normalization 詳細(xì)計(jì)算過(guò)程
最近在看差異分析當(dāng)中原始read counts是如何被校正的，自然就不會(huì)放過(guò)差異分析的經(jīng)典之一 —— edgeR. edgeR使用的校正方法稱為...
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edgeR差異基因分析的一般過(guò)程基于轉(zhuǎn)錄組測(cè)序獲得的定量表達(dá)值，識(shí)別差異表達(dá)變化的基因或其它非編碼RNA分子，實(shí)際上方法還是非常多的。但就目前來(lái)看，DESeq2和edgeR是出...
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基因本體論介紹 Gene Ontology overview本體是給定域內(nèi)的知識(shí)體系的正式表示。本體通常由一組具有在它們之間運(yùn)行的關(guān)系的類（或術(shù)語(yǔ)或概念）組成?；虮倔w論（GO）從三個(gè)方面描述了我們對(duì)生物...
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基因本體論（Gene Ontology）首先，基因本體論（Gene Ontology）和基因文庫(kù)不是同一概念。 我從下面幾個(gè)方面講一下GO的一些概 念和基本方法（感謝劉老師提供的資料）...
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基因本體論一、什么是生物學(xué)功能 根據(jù)Paul D. Thomas的說(shuō)法，現(xiàn)在關(guān)于什么是生物學(xué)功能的討論主要有兩種："causal role functio...
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假設(shè)檢驗(yàn) p-value，F(xiàn)DR，q-value
1、p-value 單個(gè)假設(shè)檢驗(yàn)中主要依靠p值(或統(tǒng)計(jì)量t)做出是否拒絕零假設(shè)H0的決定：p-value和預(yù)先設(shè)定的檢驗(yàn)水準(zhǔn) α 做對(duì)比，如果p...
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p-value，p-adjust，q-value
(109條消息) p-value，p-adjust，q-value三者的定義與使用_小C_先生的博客-CSDN博客_adjust p value...
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多組差異基因富集分析結(jié)果聚類 | 獲得共表達(dá)term的富集圖本教程問(wèn)題：1.mmGO.rdata文件的制作，是否不需要這一步，更改一下腳本即可實(shí)現(xiàn)呢？2.這樣的圖形美化，目前的圖還不是很滿意，需要進(jìn)行美化...
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