GeneMarkGeorgia Institute of Technology開發(fā)的一系列基因預(yù)測工具。真核生物基因組預(yù)測主要會用到GeneMa...
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GeneMark-ES/ET安裝與模型訓(xùn)練
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基因功能注釋根據(jù)已有的蛋白庫，對從基因組上提取到的蛋白序列進(jìn)行比對，從而獲得相應(yīng)的信息。 常用的數(shù)據(jù)庫： Nr：NCBI官方非冗余蛋白數(shù)據(jù)庫，包括PDB, ...
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基于3D-DNA，ALLHiC掛載二倍體基因組關(guān)于3D-DNA，前面已經(jīng)有簡單介紹，本次主要介紹ALLHiC分析流程 ALLHiC的流程主要分為以下5個步驟： Prune: 修剪（二倍體基因...
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基于轉(zhuǎn)錄組預(yù)測基因預(yù)測
本文參考徐洲更hoptop 若有轉(zhuǎn)錄組，可從以下方面進(jìn)行分析 1、 基于HISAT2 + StringTie 首先，使用HISAT2將RNA-s...
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hifiasm對HiFi PacBio進(jìn)行組裝hifiasm是一個能有效利用PacBio HiFi測序技術(shù)，在分型組裝圖(pahsed assembly gprah)中可靠的表示單倍體信息的...
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使用MAKER進(jìn)行基因注釋(高級篇之SNAP模型訓(xùn)練）
訓(xùn)練 ab initio 基因預(yù)測工具(以SNAP為例) 對于一個新的物種而言，你大概率是沒有一個高質(zhì)量的基因模型去進(jìn)行基因預(yù)測。但是我們可以利...
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使用MAKER進(jìn)行基因注釋(高級篇之GeneMark-ET模型訓(xùn)練）GeneMarkGeorgia Institute of Technology開發(fā)的一系列基因預(yù)測工具。真核生物基因組預(yù)測主要會用到GeneMa...
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使用MAKER進(jìn)行基因注釋(高級篇之AUGUSTUS模型訓(xùn)練）
準(zhǔn)備訓(xùn)練集和測試集 根據(jù)Augutus的官方教程，可靠的基因結(jié)構(gòu)序列的要求如下： 提供基因的編碼部分，包含上游幾KB。通常而言，基因越多，效果越...
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如何用WGDI進(jìn)行共線性分析(上)多倍化以及后續(xù)的基因丟失和二倍化現(xiàn)象存在于大部分的物種中, 是物種進(jìn)化的重要動力。如果一個物種在演化過程中發(fā)生過多倍化，那么在基因組上就會存在一...
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基因結(jié)構(gòu)注釋（2）：同源注釋同源預(yù)測(homology prediction)利用近緣物種已知基因進(jìn)行序列比對，找到同源序列。然后在同源序列的基礎(chǔ)上，根據(jù)基因信號如剪切信號...
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