CellChat 三部曲3：具有不同細(xì)胞類(lèi)型成分的多個(gè)數(shù)據(jù)集的細(xì)胞通訊比較分析 加載所需的包[#load-the-required-librar...
投稿
收錄了65篇文章 · 108人關(guān)注
-
CellChat 三部曲3：具有不同細(xì)胞類(lèi)型成分的多個(gè)數(shù)據(jù)集的細(xì)胞通訊比較分析
-
CellChat 三部曲2：使用CellChat 對(duì)多個(gè)數(shù)據(jù)集細(xì)胞通訊進(jìn)行比較分析CellChat 三部曲2：使用CellChat 對(duì)多個(gè)數(shù)據(jù)集細(xì)胞通訊進(jìn)行比較分析 加載所需的包[#load-the-required-libr...
-
CellChat三部曲1：使用CellChat對(duì)單個(gè)數(shù)據(jù)集進(jìn)行細(xì)胞間通訊分析CellChat三部曲1：使用CellChat對(duì)單個(gè)數(shù)據(jù)集進(jìn)行細(xì)胞間通訊分析 自從周運(yùn)來(lái)在簡(jiǎn)書(shū)寫(xiě)了一篇cellchat的中文介紹教程，然后R包作...
-
NBIS系列單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析實(shí)戰(zhàn)（一）：數(shù)據(jù)質(zhì)控Single cell RNA-seq analysis workshop 該系列課程由瑞典國(guó)家生物信息學(xué)基礎(chǔ)設(shè)施(NBIS) 負(fù)責(zé)設(shè)置，為瑞典...
-
SCENIC轉(zhuǎn)錄因子分析實(shí)戰(zhàn)---以Seurat的pbmc3K數(shù)據(jù)集為例
下面的代碼復(fù)制粘貼即可運(yùn)行，超級(jí)簡(jiǎn)單，如果是你自己的數(shù)據(jù)，你只需同樣的模式做出來(lái) exprMat 表達(dá)矩陣，和cellInfo的臨床表型，就可以...
-
單細(xì)胞108篇文獻(xiàn)解讀之10---Inference and analysis of cell-cell communication using CellChat
大家好呀！今天為大家解讀的是一篇于2021年1月17日發(fā)表于nature communications的文章，題目為Inference and ...
-
cellchat整合多個(gè)數(shù)據(jù)集進(jìn)行細(xì)胞通訊分析Load the required libraries Create a directory to save figures Load Cell...
-
SCENIC單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄因子分析原理
1. 簡(jiǎn)介 SCENIC （single-cell regulatory network inference and clustering）是一...
-
繪制scenic的轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)圖其實(shí)我想畫(huà)這張圖，是scenic分析后轉(zhuǎn)錄因子的調(diào)控圖。 出自健明大佬分享的教程 我記得小潔老師講過(guò)ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)有類(lèi)似的圖。回去找了教程，...
-
單細(xì)胞108篇文獻(xiàn)解讀之11---SCENIC: 單細(xì)胞RNA-seq數(shù)據(jù)推斷基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)和細(xì)胞功能聚類(lèi)目前單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組領(lǐng)域用的比較多的細(xì)胞聚類(lèi)方法大多是直接從基因表達(dá)矩陣推斷，但是對(duì)于多樣本合并分析，很多情況下會(huì)出現(xiàn)難以解決的批次效應(yīng)，例如：有些...
{var%20f='http://v.t.sina.com.cn/share/share.php?appkey=1881139527',u=z||d.location,p=['&url=',e(u),'&title=',e(t||d.title),'&source=',e(r),'&sourceUrl=',e(l),'&content=',c||'gb2312','&pic=',e(p||'')].join('');function%20a(){if(!window.open([f,p].join(''),'mb',['toolbar=0,status=0,resizable=1,width=440,height=430,left=',(s.width-440)/2,',top=',(s.height-430)/2].join('')))u.href=[f,p].join('');};if(/Firefox/.test(navigator.userAgent))setTimeout(a,0);else%20a();})(screen,document,encodeURIComponent,'','','https://upload.jianshu.io/collections/images/1944536/36.jpg', '推薦專(zhuān)題《單細(xì)胞高級(jí)分析36計(jì)》（ 分享自 @簡(jiǎn)書(shū) ）','http://www.itdecent.cn/c/47d5e99b5f14?utm_campaign=maleskine&utm_content=collection&utm_medium=reader_share&utm_source=weibo','頁(yè)面編碼gb2312|utf-8默認(rèn)gb2312'));){kind=link}