3.4 微生物數(shù)據(jù)組成分析 早在1897年，皮爾遜就警告說，在器官測(cè)量中使用兩個(gè)絕對(duì)測(cè)量值的比值，可能會(huì)形成“偽相關(guān)”。自1920s以來(lái)，地質(zhì)學(xué)...
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R語(yǔ)言宏基因組學(xué)統(tǒng)計(jì)分析學(xué)習(xí)筆記
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腸道微生物和宿主之間的聯(lián)合GWAS分析此圖和內(nèi)容來(lái)自文章：文超良, 孫從佼, 楊寧. 從遺傳力到腸菌力：概念及研究進(jìn)展[J]. 遺傳, 2019, 41(11): 1023-1040...
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Kraken2 report完全分類注釋
kraken2 手冊(cè)：https://github.com/DerrickWood/kraken2/wiki/Manual[https://gi...
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shot-gun宏基因組：KneadData質(zhì)控，Kraken2Bracken物種分類，HUMAnN3功能注釋導(dǎo)讀 第一次做宏基因組還是在2018年，現(xiàn)在2021很多軟件數(shù)據(jù)庫(kù)大更新，這里搭建目前比較受認(rèn)可的流程，即用Kneaddata（trimmoma...
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大概是16S從實(shí)驗(yàn)到數(shù)據(jù)分析最全流程了吧原文：https://www.sohu.com/a/270075112_99971433[https://www.sohu.com/a/2700...
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一行代碼繪制物種組成圖為什么要寫這篇文檔，昨天在教一個(gè)朋友做數(shù)據(jù)可視化發(fā)現(xiàn)即使是16s分析中一個(gè)簡(jiǎn)單的物種組成圖對(duì)新手來(lái)說也是挺難的，數(shù)據(jù)的導(dǎo)入，過濾，格式轉(zhuǎn)換等；這...
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宏基因組數(shù)據(jù)分析流程代碼熊金波實(shí)驗(yàn)室出品 整理歸納：Larry 本次學(xué)習(xí)使用的服務(wù)器IP地址和其用戶名賬戶密碼如下： 地址：gs0.genek.tv 用戶名：u3276...
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Docker封裝生物信息學(xué)宏基因組流程宏基因組學(xué)（metagenomics）是一種以環(huán)境樣品中的微生物群體所有基因組作為研究對(duì)象，利用基因組學(xué)的研究策略研究環(huán)境樣品中所包含的全部微生...
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MetaPhlAn1宏基因組物種注釋導(dǎo)讀 1 MetaPhlAn獲得宏基因組物種和物種豐度2 MetaPhlAn結(jié)果合并和可視化3 GraPhlAn繪制進(jìn)化樹4 LEfSe尋找分類...
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