●可變剪切（differential splicing）也叫做選擇性剪切alternative splicing, 指的是在mRNA前體到成熟m...
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轉(zhuǎn)錄組----可變剪接分析-rMATs -
轉(zhuǎn)錄組分析--FPKM與TPM
counts矩陣的構(gòu)建 FPKM/RPKM (Fragments/Reads Per Kilobase Million ) 每千個(gè)堿基的轉(zhuǎn)錄每...
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轉(zhuǎn)錄組分析--基于TPM的PCA及相關(guān)性分析
Spearman相關(guān)性分析 使用TPM值 PCA 使用TPM值
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轉(zhuǎn)錄組--STAR比對(duì)（可用于差異分析、可變剪接分析和call_SNP）
1 建索引 2 比對(duì)(若用于GATK，可不排序輸出sam文件) 1)常規(guī)比對(duì)（一次2個(gè)吧, 用于差異分析） 2-pass模式（用于RNA數(shù)據(jù)的G...
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轉(zhuǎn)錄組分析（三）--GO及KEGG富集分析及可視化（包括條形圖及氣泡圖）（對(duì)差異基因的可視化）
GO分析（上下調(diào)基因分開(kāi)做，可用于BP,CC,MF分開(kāi)畫(huà)圖） GO分析（上下調(diào)一起做，強(qiáng)烈推薦，可以看整體結(jié)果，并可選取其中的部分畫(huà)圖） GO ...
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2022.06.25 | 轉(zhuǎn)錄組分析（二）--差異分析DeSeq（將服務(wù)器中的結(jié)果文件下載到本地，在R中操作）
DESeq2進(jìn)行差異分析 1 ###數(shù)據(jù)讀入和處理 2 #### dds矩陣的創(chuàng)建 #### 3 ### DESeq2進(jìn)行差異分析 #####...
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2022.06.25 | 轉(zhuǎn)錄組分析(一)--hisat2+featurecounts（也就是在服務(wù)器中的操作）
1 ###文件下載 2 ## 循環(huán)把下載的所有sra文件都變?yōu)閒astq(雙端測(cè)序數(shù)據(jù)) 3 ### fastp質(zhì)量控制 4 ###參考基因組下...
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