mosdepth是一個(gè)用于計(jì)算測(cè)序深度的軟件使用方法可參考下面這篇文章http://www.itdecent.cn/p/6bd56cd8d59...
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改善mosdepth輸出結(jié)果的python腳本
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將多個(gè)樣本的vcf文件轉(zhuǎn)化為Phylip輸入格式的python腳本在分析變異過(guò)濾得到SNP時(shí)，一般都會(huì)用PHYLIP構(gòu)建NJ進(jìn)化樹(shù) 但是phylip又不能直接把vcf文件作為輸入文件，它的輸入格式要求如下 第一...
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將Marker與多個(gè)物種blast結(jié)果輸出位CSV文件的python腳本
我們很多Markers通過(guò)本地blast比對(duì)到多個(gè)物種的基因組上，來(lái)確定marker在不同物種基因組上的位置，為了方便查看結(jié)果，因此我寫(xiě)了一個(gè)腳...
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用Python和C語(yǔ)言實(shí)現(xiàn)DNA雙序列局部比對(duì)（Smith-waterman算法）雙序列局部比對(duì)的算法和全局比對(duì)算法的步驟相似，只是賦值規(guī)則稍有不同，每個(gè)單元格的分值由前面對(duì)角線的分值和引入一個(gè)空位得到的分值的最大值決定，但是...
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用shell腳本實(shí)現(xiàn)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序中 解壓>比對(duì)-計(jì)算基因表達(dá)量 一體化
這個(gè)腳本需要的軟件有：hisat2，SRA-toolkit，samtools，htseq-count 有興趣的同學(xué)可以自己去下載并安裝好，記得要...
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用shell腳本實(shí)現(xiàn)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序中 解壓>質(zhì)控>比對(duì)-計(jì)算基因表達(dá)量 一體化
其實(shí)我一直很糾結(jié)RNA-seq到底要不要去掉接頭，去掉低質(zhì)量的堿基，我以前寫(xiě)的腳本是沒(méi)有去接頭和低質(zhì)量堿基的，剛好有一位朋友問(wèn)我為什么不去掉接頭...
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生物軟件安裝腳本
寫(xiě)一個(gè)安裝生物軟件的腳本，防止以后換個(gè)服務(wù)器，或者換電腦，或者重裝虛擬機(jī)又要自己一個(gè)一個(gè)去下，直接一步到位。順便對(duì)自己掌握的軟件進(jìn)行總結(jié)腳本安裝...
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用Python和C語(yǔ)言實(shí)現(xiàn)DNA雙序列全局比對(duì)（Needleman-Wnnsch算法）雙序列全局比對(duì)主要是依據(jù)Needleman-Wnnsch算法來(lái)進(jìn)行 整個(gè)過(guò)程分為三步1.設(shè)置一個(gè)矩陣：第一條序列長(zhǎng)m,沿x軸排列，第二條序列長(zhǎng)n...
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用C語(yǔ)言實(shí)現(xiàn)DNA雙序列滑動(dòng)比對(duì)DNA雙序列滑動(dòng)比對(duì)也是比較簡(jiǎn)單的一種比對(duì)方式算法思想大概如下： 假設(shè)有兩條DNA序列：ATCGCAG 和ATC，那么進(jìn)行滑動(dòng)比對(duì)的過(guò)程如下1....
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