這篇文章在2020年7月上傳到了bioRxiv（Inference and analysis of cell-cell communicatio...
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單細(xì)胞分析之細(xì)胞通訊：cellchat -
scrna Workflow||單細(xì)胞數(shù)據(jù)可以分析什么在可見(jiàn)的將來(lái)，還會(huì)有大量的單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析初學(xué)者。我們帶著自己已有的知識(shí)背景加入到單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析大軍中來(lái)，在我們第一次決定要做單細(xì)胞相關(guān)的工作時(shí)，...
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Seurat官方教程1 | 整合受刺激與對(duì)照PBMC數(shù)據(jù)集整合受刺激與對(duì)照PBMC數(shù)據(jù)集，以了解細(xì)胞類型特異性反應(yīng) 教程背景 本教程介紹了康等人在2017年提出的兩組pbmc。本實(shí)驗(yàn)將PBMCs分為受刺...
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文獻(xiàn)簡(jiǎn)報(bào)-ASAP 2020:單細(xì)胞組學(xué)分析開(kāi)放、可擴(kuò)展、交互式web網(wǎng)站隨著單細(xì)胞數(shù)據(jù)的爆發(fā)時(shí)增加，傳統(tǒng)的科研人員如何方便的探索單細(xì)胞數(shù)據(jù)，成了急需解決的問(wèn)題，數(shù)據(jù)解讀才是未來(lái)單細(xì)胞方向的關(guān)鍵，對(duì)于工具的開(kāi)發(fā)是當(dāng)前必...
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scRNA基礎(chǔ)分析-3：鑒定細(xì)胞類型scRNA基礎(chǔ)分析-1:安裝包、導(dǎo)入數(shù)據(jù)、過(guò)濾質(zhì)控 - 簡(jiǎn)書(shū) scRNA基礎(chǔ)分析-2：降維與聚類 - 簡(jiǎn)書(shū) scRNA基礎(chǔ)分析-3：鑒定細(xì)胞...
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單細(xì)胞亞群鑒定知多少（三）
作者：堯小飛審稿：童蒙編輯：angelica 引言 隨著單細(xì)胞數(shù)據(jù)的增多，單細(xì)胞亞群的鑒定越來(lái)越成為一個(gè)單細(xì)胞分析的一個(gè)關(guān)鍵的、限制性的過(guò)程。今...
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Seurat包------標(biāo)準(zhǔn)流程Seurat官網(wǎng)上詳細(xì)的指導(dǎo)完全可以滿足Seurat包初級(jí)使用。不過(guò)該網(wǎng)站是英文的，為了方便大家迅速上手，我來(lái)走一遍標(biāo)準(zhǔn)流程。我用的是Windo...
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使用SnapATAC分析單細(xì)胞ATAC-seq數(shù)據(jù)（二）：10X Adult Mouse Brain10X Adult Mouse Brain 在本示例中，我們將分析來(lái)自10X genomics平臺(tái)測(cè)序產(chǎn)生的5000個(gè)成年小鼠大腦細(xì)胞的數(shù)據(jù)集。...
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Cell：?jiǎn)渭?xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序揭示潰瘍性結(jié)腸炎圖譜和耐藥機(jī)制2020/5/26 今天介紹的文獻(xiàn)是美國(guó)哈佛大學(xué)和麻省理工學(xué)院的學(xué)者于2019年7月在Cell上發(fā)表的，名為Intra- and Inter-c...
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【scRW】[2]Introduction to Single Cell RNA Sequencing這個(gè)專題叫Schedule for Single-cell RNA-seq workshop，那就把這個(gè)專題叫做【scRW】吧 第二課 Intr...
{var%20f='http://v.t.sina.com.cn/share/share.php?appkey=1881139527',u=z||d.location,p=['&url=',e(u),'&title=',e(t||d.title),'&source=',e(r),'&sourceUrl=',e(l),'&content=',c||'gb2312','&pic=',e(p||'')].join('');function%20a(){if(!window.open([f,p].join(''),'mb',['toolbar=0,status=0,resizable=1,width=440,height=430,left=',(s.width-440)/2,',top=',(s.height-430)/2].join('')))u.href=[f,p].join('');};if(/Firefox/.test(navigator.userAgent))setTimeout(a,0);else%20a();})(screen,document,encodeURIComponent,'','','https://upload.jianshu.io/collections/images/1853232/u_2352182586_4238066003_fm_26_gp_0.jpg', '推薦專題《scRNA》（ 分享自 @簡(jiǎn)書(shū) ）','http://www.itdecent.cn/c/57f081131bd6?utm_campaign=maleskine&utm_content=collection&utm_medium=reader_share&utm_source=weibo','頁(yè)面編碼gb2312|utf-8默認(rèn)gb2312'));){kind=link}