部分代碼參考自10x genomics官網(wǎng)[what-is-cell-ranger-atac]，但絕大多數(shù)代碼融入了我自己的思考 1、上游分析（...
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生信 | scATAC-Seq數(shù)據(jù)獲?。ǔ靤ra轉(zhuǎn)fq） -
scATAC分析神器ArchR初探-簡(jiǎn)介（1）scATAC分析神器ArchR初探-簡(jiǎn)介（1）[http://www.itdecent.cn/p/90ccb3d24322]scATAC分析神...
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BSgenome 構(gòu)建自己的參考基因組1. 目的 ??最近在某個(gè)分析的時(shí)候，需要BSgenome object，然而我的物種不是常見的物種，是自己組裝出來(lái)的多倍體物種，因此沒(méi)法用已有...
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如何提取擬南芥（或非模式物種）基因的啟動(dòng)子序列_基于R_補(bǔ)充部分（getSeq或BSgenome）
在上一篇中，本來(lái)說(shuō)好的是“如何提取擬南芥（或非模式物種）基因的啟動(dòng)子序列_基于R”，結(jié)果卻只說(shuō)了提取擬南芥的情況。 這里我再補(bǔ)充下針對(duì)非模式物種...
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exomePeak2 使用筆記之自建 BSgenome ObjectexomePeak2 使用筆記之自建 BSgenome Object 最近需要使用 exomePeak2 這個(gè)包來(lái)對(duì)玉米的 RNA-seq 和 ...
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使用ArchR分析單細(xì)胞ATAC-seq數(shù)據(jù)(第十六章)本文首發(fā)于我的個(gè)人博客， http://xuzhougeng.top/ 往期回顧: 使用ArchR分析單細(xì)胞ATAC-seq數(shù)據(jù)(第一章) 使用...
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ArchR官網(wǎng)教程學(xué)習(xí)筆記14:ArchR的Footprinting分析系列回顧：ArchR官網(wǎng)教程學(xué)習(xí)筆記1：Getting Started with ArchR[http://www.itdecent.cn/p...
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使用Signac包進(jìn)行單細(xì)胞ATAC-seq數(shù)據(jù)分析（一）：Analyzing PBMC scATAC-seq
Signac是Seurat的一個(gè)擴(kuò)展功能R包，可以用來(lái)分析、解釋和探索單細(xì)胞染色質(zhì)數(shù)據(jù)集。目前，Signac包主要專注于分析單細(xì)胞ATAC-se...
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