部分代碼參考自10x genomics官網(wǎng)[what-is-cell-ranger-atac],但絕大多數(shù)代碼融入了我自己的思考 1、上游分析(...
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部分代碼參考自10x genomics官網(wǎng)[what-is-cell-ranger-atac],但絕大多數(shù)代碼融入了我自己的思考 1、上游分析(...
scATAC分析神器ArchR初探-簡(jiǎn)介(1)[http://www.itdecent.cn/p/90ccb3d24322]scATAC分析神...
1. 目的 ??最近在某個(gè)分析的時(shí)候,需要BSgenome object,然而我的物種不是常見的物種,是自己組裝出來(lái)的多倍體物種,因此沒(méi)法用已有...
在上一篇中,本來(lái)說(shuō)好的是“如何提取擬南芥(或非模式物種)基因的啟動(dòng)子序列_基于R”,結(jié)果卻只說(shuō)了提取擬南芥的情況。 這里我再補(bǔ)充下針對(duì)非模式物種...
exomePeak2 使用筆記之自建 BSgenome Object 最近需要使用 exomePeak2 這個(gè)包來(lái)對(duì)玉米的 RNA-seq 和 ...
本文首發(fā)于我的個(gè)人博客, http://xuzhougeng.top/ 往期回顧: 使用ArchR分析單細(xì)胞ATAC-seq數(shù)據(jù)(第一章) 使用...
系列回顧:ArchR官網(wǎng)教程學(xué)習(xí)筆記1:Getting Started with ArchR[http://www.itdecent.cn/p...
Signac是Seurat的一個(gè)擴(kuò)展功能R包,可以用來(lái)分析、解釋和探索單細(xì)胞染色質(zhì)數(shù)據(jù)集。目前,Signac包主要專注于分析單細(xì)胞ATAC-se...