由于軟件的功能限制，一些比對(duì)軟件生成的比對(duì)文件，如Clustalx的*.aln文件，可讀性差，無法滿足高質(zhì)量期刊的要求。因此，在實(shí)際操作過程中，...
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如何繪制漂亮的多重序列比對(duì)圖
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clusterProfiler基因功能富集分析 +氣泡圖1. 非模式生物 非模式生物需要提前從AnnotationHub抓取目標(biāo)物種的OrgDb數(shù)據(jù)庫(kù)，這個(gè)庫(kù)里包括Uniport，ENSEMBL，EN...
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任何人！十分鐘掌握Circos圖繪制
寫在寫在前面的前面 我不喜歡調(diào)用外部程序，如果是簡(jiǎn)單的事情。我覺得應(yīng)該用最簡(jiǎn)單的方式來實(shí)現(xiàn)。如果你只是想畫一個(gè)簡(jiǎn)單的Circos圖，perl？不...
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如何高效而且優(yōu)雅地比較多物種的不同基因組區(qū)域？寫在前面 高通量測(cè)序技術(shù)的普及，帶來的是遍地的基因組。昨日，OneKP項(xiàng)目又發(fā)了一個(gè)Paper【因?yàn)楹芫靡郧八麄兙桶l(fā)過，數(shù)據(jù)也早就可以獲取】。他...
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用TBtools，快速高效實(shí)現(xiàn)基因組共線性分析與可視化， 贊！寫在前面 對(duì)于沒有做過共線性分析的小伙伴，可以通過以下幾段內(nèi)容，了解一下，我為什么要費(fèi)勁巴拉畫出這樣一張圖。 除了基因組成的相似性,在不同基因組...
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基因組共線性工具M(jìn)CScanX使用說明基因組共線性工具M(jìn)CScanX使用說明 簡(jiǎn)介 MCScanX工具集對(duì)MCScan算法進(jìn)行了調(diào)整，用于檢測(cè)共線性和同線性區(qū)域，還增加了可視化和下游...
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circos使用筆記circos是用來展示數(shù)據(jù)的繪圖工具，其數(shù)據(jù)展示方式主要通過配置文件來決定。不同的展示方式可通過不同的配置文件來進(jìn)行設(shè)置，如染色體整體展示，添加...
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使用clusterProfiler包對(duì)非模式生物進(jìn)行GO和KEGG的富集分析
clusterProfiler包是Y叔開發(fā)的一個(gè)強(qiáng)大的能進(jìn)行多種功能富集的R包，對(duì)于有OrgDb或AnnotationHub中收錄的物種進(jìn)行GO...
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OrthoFinder尋找同源基因并建樹提到尋找物種之間的同源基因，大家一般想到的是OrthoMCL (http://orthomcl.org/orthomcl/） ，OrthoMCL...
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TBtools基因家族分析詳細(xì)教程（1）寫在前面：非常感謝CJ開發(fā)出如此強(qiáng)大的TBtools工具，作者詳細(xì)講解了基因家族的分析過程和意義，課程購(gòu)買地址，講的很棒，可以試聽。 一共分為4...
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