隨著測(cè)序技術(shù)的發(fā)展及新的組裝工具的不斷開(kāi)發(fā)應(yīng)用，基因組denovo測(cè)序及組裝進(jìn)入了Genomic2.0時(shí)代，我認(rèn)為Genomic2.0時(shí)代的標(biāo)志...
投稿
收錄了20篇文章 · 2人關(guān)注
-
單倍體組裝工具Hifiasm簡(jiǎn)介及基本運(yùn)行命令(一) -
用BEDtools/Python序列截取在用MEME-chip進(jìn)行模體搜索時(shí)，需要將fasta格式的文件上傳，而上傳的數(shù)據(jù)又必須是大于50bp且等長(zhǎng)的序列，這個(gè)時(shí)候就要對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行序列截...
-
hifiasm對(duì)HiFi PacBio進(jìn)行組裝hifiasm是一個(gè)能有效利用PacBio HiFi測(cè)序技術(shù)，在分型組裝圖(pahsed assembly gprah)中可靠的表示單倍體信息的...
-
利用參考基因組將contig組裝到scaffold
軟件工具RagTag github主頁(yè) https://github.com/malonge/RagTag[https://github.com...
-
LTR-RTs的鑒定,LAI值的計(jì)算LAI是一種新的評(píng)估基因組組裝質(zhì)量的評(píng)價(jià)標(biāo)準(zhǔn)。LTR講解[http://www.itdecent.cn/p/a93cdbc36339]部分轉(zhuǎn)載...
-
TE 注釋工具EDTA的安裝及使用EDTA（Extensive de novo TE Annotator）是一個(gè)可以從頭注釋全基因組中的TE并且評(píng)估已有TE庫(kù)注釋優(yōu)劣的工具包。該...
-
四種獲取fasta序列長(zhǎng)度的方法在處理fasta序列的時(shí)候，我們經(jīng)常需要獲取每一條fasta序列的長(zhǎng)度。今天小編就跟大家來(lái)分享四種獲取fasta序列長(zhǎng)度的方法。 一、awk 輸...
-
EDTA | TE 注釋工具
https://www.baidu.com/s?wd=EDTA%20%20%20LTR&rsv_spt=1&rsv_iqid=0xf6737f5...
-
使用EDTA進(jìn)行TE注釋
一句話評(píng)價(jià)：重復(fù)序列注釋用EDTA就完事了。 簡(jiǎn)介 EDTA, 全稱是 Extensive de-novo TE Annotator, 一個(gè)綜合...
-
第三天：軟件安裝1. RepeatMasker安裝 功能：重復(fù)序列屏蔽（已知什么序列是重復(fù)序列了） (1) 準(zhǔn)備工作 利用conda安裝rmblast trf軟...
{var%20f='http://v.t.sina.com.cn/share/share.php?appkey=1881139527',u=z||d.location,p=['&url=',e(u),'&title=',e(t||d.title),'&source=',e(r),'&sourceUrl=',e(l),'&content=',c||'gb2312','&pic=',e(p||'')].join('');function%20a(){if(!window.open([f,p].join(''),'mb',['toolbar=0,status=0,resizable=1,width=440,height=430,left=',(s.width-440)/2,',top=',(s.height-430)/2].join('')))u.href=[f,p].join('');};if(/Firefox/.test(navigator.userAgent))setTimeout(a,0);else%20a();})(screen,document,encodeURIComponent,'','','https://upload.jianshu.io/collections/images/1960767/crop1627873624414.jpg', '推薦專題《基因組》（ 分享自 @簡(jiǎn)書(shū) ）','http://www.itdecent.cn/c/61cde0f493c8?utm_campaign=maleskine&utm_content=collection&utm_medium=reader_share&utm_source=weibo','頁(yè)面編碼gb2312|utf-8默認(rèn)gb2312'));){kind=link}