最佳線性無(wú)偏預(yù)測(cè) (BLUP) BLUP (Best Linear Unbiased Prediction) ，在線性混合模型中可以用來(lái)評(píng)估隨機(jī)...
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全基因組關(guān)聯(lián)分析流程 ( 二 )
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玉米全基因關(guān)聯(lián)分析 ( GWAS Analysis Pipeline )全基因組關(guān)聯(lián)分析是基于數(shù)量性狀連鎖不平衡理論，通過(guò)表型與基因型關(guān)聯(lián)分析獲得影響表型性狀的顯著關(guān)聯(lián)標(biāo)記。 1. 軟件 Tassel / Gaipt...
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全基因組關(guān)聯(lián)分析流程（三）拿到結(jié)果后，我們對(duì)結(jié)果進(jìn)行展示，一般 GWAS 的標(biāo)準(zhǔn)結(jié)果圖為 曼哈頓圖 和 QQ 圖，作圖代碼如下： 數(shù)據(jù)示例入下： END
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GWAS：混合線性模型分析多性狀GWAS（MTMM）
原文下載 文章 數(shù)據(jù)及代碼下載 MTMM Korte A, Vilhjálmsson B J, Segura V, et al. A mixed...
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關(guān)于全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）
全基因組關(guān)聯(lián)分析是一種在人類或動(dòng)植物全基因組中尋找變異序列的方法，全英文名為Genome-wide association study，縮寫名為...
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2018-11-06 GWAS實(shí)戰(zhàn)（七）plink 進(jìn)階之關(guān)聯(lián)分析這一節(jié)說(shuō)的是association analysis 也是我們分析單標(biāo)記回歸得到的結(jié)果（P值）的一步，這一步的結(jié)果可以用來(lái)與我第一講 聯(lián)合起來(lái)，...
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2018-11-05 GWAS實(shí)戰(zhàn)（六）plink 進(jìn)階之主成分分析和群體分層要學(xué)習(xí)這一節(jié)，首先是要學(xué)習(xí)什么是主成分，什么是聚類這個(gè)我一直有點(diǎn)搞混，可以百度谷歌查一查http://www.cnblogs.com/pinar...
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2018-11-02 GWAS實(shí)戰(zhàn)（五）plink 進(jìn)階之?dāng)?shù)據(jù)過(guò)濾一條命令
之前講了太多的很細(xì)的數(shù)據(jù)分析和過(guò)濾，在實(shí)戰(zhàn)中，一般可以把命令寫在一起。 這張圖片對(duì)比了數(shù)據(jù)summary和數(shù)據(jù)過(guò)濾的命令之間的差異。 對(duì)于我們自...
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2018-11-01GWAS實(shí)戰(zhàn)（四）plink 進(jìn)階之?dāng)?shù)據(jù)過(guò)濾數(shù)據(jù)好不好，影響到結(jié)果的準(zhǔn)確性，所以我們要來(lái)對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行過(guò)濾，過(guò)濾前，我們應(yīng)該對(duì)數(shù)據(jù)的部分特征進(jìn)行統(tǒng)計(jì)描述，以此為依據(jù)來(lái)進(jìn)行過(guò)濾。 這里介紹的幾個(gè)...
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2018-10-31 GWAS實(shí)戰(zhàn)（三）plink 進(jìn)階之認(rèn)識(shí)常用文件格式學(xué)會(huì)了基本的plink之后，就要開始學(xué)習(xí)了解輸入文件的格式了。詳細(xì)的格式建議看官網(wǎng)因?yàn)橹耙约敖佑|過(guò)幾次，這里來(lái)個(gè)詳細(xì)的歸總主要認(rèn)識(shí) ped m...
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