參考文獻(xiàn)：CEL-Seq2: sensitive highly-multiplexed single-cell RNA-Seq[https://...
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單細(xì)胞：CEL-Seq2 數(shù)據(jù)分析（勸退篇） -
單細(xì)胞 Drop-seq數(shù)據(jù)分析教程DropSeq 簡介 Drop-seq技術(shù)最初由麻省理工學(xué)院的McCarroll實驗室開發(fā)，于2015年首次發(fā)表在《Cell》雜志上。自此以后，...
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單細(xì)胞: 將meta.data plot 到UMAP圖上的幾種方法這里準(zhǔn)備了一個文件，是要將這個文件中的信息plot到umap圖上，文件有3列 今天的目標(biāo)就是: 將第一列barcode plot到umap上 將...
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HLA分型工具-HLA-HD
在203年還在更新的一款軟件 https://www.genome.med.kyoto-u.ac.jp/HLA-HD/[https://www....
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10x VDJ web summary troubleshooting使用Cellranger vdj 流程能得到一個網(wǎng)頁版的報告，如上圖樣式. 今天將對這幾個指標(biāo)進(jìn)行解釋說明,用于后續(xù)troubleshootin...
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單細(xì)胞研究聯(lián)合T細(xì)胞受體分析2022年【最新進(jìn)展】這篇文章是單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組（scRNAseq）和TCRseq聯(lián)合分析的一個綜述，介紹了目前關(guān)于這兩種數(shù)據(jù)聯(lián)合分析的最新進(jìn)展(2022年)。 1. 介...
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mixcr3.0?軟件使用MiXCR是一個通用的框架，處理從原始測序數(shù)據(jù)到定量clonotype的免疫組數(shù)據(jù)。 支持PE和SE的reads，考慮測序質(zhì)量，糾正PCR錯誤，...
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有意思的單細(xì)胞CITEseq文庫結(jié)構(gòu)有意思的CITEseq文庫結(jié)構(gòu)。 理解CITEseq的文庫結(jié)構(gòu),有助于在分析數(shù)據(jù)的過程中更好地troubleshooting. 首先來看CITE...
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10x RNAseq Cellranger結(jié)果的對應(yīng)關(guān)系：
10x RNAseq數(shù)據(jù) 在用cellranger 跑完10xRNaseq數(shù)據(jù)分析后，會生成一個outs目錄， 這個目錄下還有一個/filter...
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【小工具】智能合并測序數(shù)據(jù)fastq的腳本
介紹： 這是一個可以自動合并數(shù)據(jù)的簡易腳本 應(yīng)用場景： 有一批數(shù)據(jù)有三十幾個樣本,測序公司返回數(shù)據(jù)時由于數(shù)據(jù)量不達(dá)標(biāo)，需要加測一次，部分樣本數(shù)據(jù)...
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