參考文獻(xiàn):CEL-Seq2: sensitive highly-multiplexed single-cell RNA-Seq[https://...
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參考文獻(xiàn):CEL-Seq2: sensitive highly-multiplexed single-cell RNA-Seq[https://...
DropSeq 簡介 Drop-seq技術(shù)最初由麻省理工學(xué)院的McCarroll實驗室開發(fā),于2015年首次發(fā)表在《Cell》雜志上。自此以后,...
這里準(zhǔn)備了一個文件,是要將這個文件中的信息plot到umap圖上,文件有3列 今天的目標(biāo)就是: 將第一列barcode plot到umap上 將...
在203年還在更新的一款軟件 https://www.genome.med.kyoto-u.ac.jp/HLA-HD/[https://www....
使用Cellranger vdj 流程能得到一個網(wǎng)頁版的報告,如上圖樣式. 今天將對這幾個指標(biāo)進(jìn)行解釋說明,用于后續(xù)troubleshootin...
這篇文章是單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組(scRNAseq)和TCRseq聯(lián)合分析的一個綜述,介紹了目前關(guān)于這兩種數(shù)據(jù)聯(lián)合分析的最新進(jìn)展(2022年)。 1. 介...
MiXCR是一個通用的框架,處理從原始測序數(shù)據(jù)到定量clonotype的免疫組數(shù)據(jù)。 支持PE和SE的reads,考慮測序質(zhì)量,糾正PCR錯誤,...
有意思的CITEseq文庫結(jié)構(gòu)。 理解CITEseq的文庫結(jié)構(gòu),有助于在分析數(shù)據(jù)的過程中更好地troubleshooting. 首先來看CITE...
10x RNAseq數(shù)據(jù) 在用cellranger 跑完10xRNaseq數(shù)據(jù)分析后,會生成一個outs目錄, 這個目錄下還有一個/filter...
介紹: 這是一個可以自動合并數(shù)據(jù)的簡易腳本 應(yīng)用場景: 有一批數(shù)據(jù)有三十幾個樣本,測序公司返回數(shù)據(jù)時由于數(shù)據(jù)量不達(dá)標(biāo),需要加測一次,部分樣本數(shù)據(jù)...