原文來源：Yang K, Wen X, Sablok G. Method for the Large-Scale Identification ...
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第4周：大規(guī)模鑒定phasiRNA的方法 -
常見NGS匯總github
https://github.com/crazyhottommy/
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一個完整的RNA-seq分析pipeline之HISAT2+ StrintTie+ Ballgown以及StringTie和Kallisto的比較(包括得到FPKM、TPM、readscounts)最重要的參考鏈接 https://pmbio.org/course/#module-06-rnaseq github鏈接：https://git...
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轉錄組學習八（功能富集分析）
轉錄組學習一（軟件安裝） 轉錄組學習二（數(shù)據(jù)下載） 轉錄組學習三（數(shù)據(jù)質控） 轉錄組學習四（參考基因組及gtf注釋探究） 轉錄組學習五（...
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The Power of RNA-seq
The Power of RNA-seq Wageningen, June 11-13 2018 Program Evaluation form...
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tophat2+cufflinks轉錄組測序（2)—去接頭>比對>差異分析
在將原始數(shù)據(jù)和參考基因組數(shù)據(jù)處理好以后，就開始開始比對分析了比對所用到的參考基因組的索引文件和基因組注釋文件都存放在hg19文件夾將sra文件解...
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轉錄組入門（8）：差異基因結果注釋作業(yè)要求 我們統(tǒng)一選擇p<0.05而且abs(log2FC)大于1的基因為顯著差異表達基因集，對這個基因集用R包做KEGG/GO超幾何分布檢驗分...
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轉錄組入門（7）：差異基因分析
作業(yè)要求 這個步驟推薦在R里面做，載入表達矩陣，然后設置好分組信息，統(tǒng)一用DEseq2進行差異分析，當然也可以走走edgeR或者limma的vo...
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轉錄組入門（6）：reads計數(shù)
作業(yè)要求 1.實現(xiàn)這個功能的軟件也很多，還是煩請大家先自己搜索幾個教程，入門請統(tǒng)一用htseq-count，對每個樣本都會輸出一個表達量文件。2...
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轉錄組入門（5）：序列比對作業(yè)要求 比對軟件很多，首先大家去收集一下，因為我們是帶大家入門，請統(tǒng)一用hisat2，并且搞懂它的用法。直接去hisat2的主頁下載index...
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