如題 自由發(fā)揮自由擴散
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R語言獲取四分位分組\高低表達分組
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TCGA 更新后矩陣整理方式最近TCGA更新了，下載研究一下，我們從TCGA下載STAD的數(shù)據(jù)，選擇其中的一個打開，發(fā)現(xiàn)了一個好消息那就是矩陣的整合難度降低了，而且提供TP...
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一文了解Count、FPKM、RPKM、TPM | 相互間的轉(zhuǎn)化 | 收藏教程
PS：如果你需要本教程的練習(xí)代碼和文檔，可以在公眾號回復(fù)“20220122”即可獲得。 前言： 今早看到一篇博文，提到了FPKM與TPM間轉(zhuǎn)化。...
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TCGA數(shù)據(jù)庫下載：多種方法及優(yōu)缺點介紹在TCGA數(shù)據(jù)庫下載文件有很多種方法： 一.利用R語言下載（本文重點介紹這個） 方法1：TCGAbiolinks包（首推這個方法??！目前沒發(fā)現(xiàn)明...
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用R語言分析：RNAseq表達矩陣樣本的差異性
我們之前介紹了limma包，limma包是對基因芯片表達矩陣的分析，不能對逆轉(zhuǎn)錄RNAseq表達矩陣進行分析（因為數(shù)據(jù)特征不同），RNAseq需...
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R語言GEO數(shù)據(jù)挖掘：步驟四：富集分析KEGG,GO
1.讀取第三部存儲數(shù)據(jù)（基因差異表達情況） 2.設(shè)定閾值計算基因上調(diào)下調(diào)數(shù)量 3.ID轉(zhuǎn)換 4.得出差異基因 5. KEGG pathway a...
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R語言GEO數(shù)據(jù)挖掘：步驟三：進行基因差異分析進行基因差異分析 1.讀取數(shù)據(jù) 2.檢測數(shù)據(jù) 3.為每個數(shù)據(jù)集繪制箱形圖，比較數(shù)據(jù)集中的數(shù)據(jù)分布（單一某個基因分析） 4.對某種基因在樣本中的表...
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ensembl_id轉(zhuǎn)換之兩種方法比較
一個基因在不同的數(shù)據(jù)庫有不同的名字：1.Entrez gene ID：我們一般說的Gnen ID即Entrez gene ID，是用一串?dāng)?shù)字表示...
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TCGA數(shù)據(jù)挖掘十：風(fēng)險因子聯(lián)動圖一.加載表達數(shù)據(jù),并分組 這里沒有按照全部處理，直接加載了處理好的數(shù)據(jù)，前面處理數(shù)據(jù)的代碼詳解看見前面《TCGA數(shù)據(jù)挖掘一》 真正加載表達數(shù)據(jù)的...
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TCGA數(shù)據(jù)挖掘九：lasso回歸加載表達矩陣和生存數(shù)據(jù) 進行l(wèi)asso回歸，找到最佳建模位置 再用得到的最佳的位置去建模 判斷預(yù)測結(jié)果的準確性 后面這段是補充，可以不用看了。。...
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