首先推薦Kobashttp://kobas.cbi.pku.edu.cn/kobas3/genelist/[http://kobas.cbi.p...
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介紹 從集合角度考慮同一類型基因的功能性區(qū)別,這也是基因富集分析的出發(fā)點(diǎn)。單個(gè)基因解析生物學(xué)功能還是偏弱,說服力不夠。 過表達(dá)分析ORA富集基因...
圖片好像加載不出來,可移步:https://blog.csdn.net/qq_38774801/article/details/11495256...
一般做完差異分析都會(huì)做這一步,目的是找到差異基因富集到的通路,進(jìn)而與生物學(xué)意義聯(lián)系起來。具體的統(tǒng)計(jì)方法很簡單,這篇筆記里面的代碼可以從零搭建一個(gè)...
做差異分析需要的數(shù)據(jù):表達(dá)矩陣和分組信息TCGA的數(shù)據(jù)只要表達(dá)矩陣就夠了,因?yàn)槠銽CGA的樣本ID比較特殊,樣本ID的第14和15位是>=10還...
一般我們做GSEA都是先進(jìn)行差異基因分析,然后取差異倍數(shù)排序結(jié)果進(jìn)行GSEA。但如果你沒有條件進(jìn)行差異基因分析也可以進(jìn)行GSEA,這就是ssGS...
目錄 一、介紹 在進(jìn)行生物學(xué)實(shí)驗(yàn)或者生物信息的學(xué)習(xí)中,都會(huì)聽說KEGG富集分析,而且該方法在高通量測序分析中已然成為數(shù)據(jù)分析中必不可少的一環(huán)。 ...
通過前期的基因定量,我們通過**RSEM**或者Kallisto這些工具得到了每個(gè)基因或者轉(zhuǎn)錄本的表達(dá)量矩陣。輸出的矩陣包含了基因以及在各個(gè)樣本...
1.為什么寫? 網(wǎng)上教程一抓一大把,有的能重復(fù),有的不能重復(fù)不了,很多原因。別人能做的不代表你能復(fù)制,實(shí)踐出真知。 不做搬運(yùn)工,只寫有用的,防止...
Nov 21, 2019更新 => 修正部分function代碼,實(shí)現(xiàn)了導(dǎo)出gene2module 目的 最近有個(gè)項(xiàng)目又準(zhǔn)備跑WGCNA,...