VCF2Dis[https://github.com/BGI-shenzhen/VCF2Dis]，是一款計(jì)算根據(jù)vcf文件計(jì)算距離矩陣的小工具 ...
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根據(jù)VCF構(gòu)建進(jìn)化樹 -
轉(zhuǎn)錄本的bed文件下載從UCSC下載的ref.bed： mammal-mouse-GRCm38/mm10-genes and gene predictions-gen...
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我的ChIP-Seq(2): cutadapt/fastp/Trimmomatic 過濾軟件選擇過濾軟件的比較與選擇：cutadapt/fastp/trimmomatic 注：還沒有完全搞明白，先總結(jié)一下特點(diǎn)和使用，之后再慢慢體會(huì)、總結(jié)經(jīng)驗(yàn)...
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測(cè)序數(shù)據(jù)的質(zhì)控：你需要Trimmomatic！原文鏈接： 測(cè)序數(shù)據(jù)的質(zhì)控：你需要Trimmomatic！ 通過前兩期文章二代測(cè)序原理詳細(xì)解析和測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量解析的介紹，我們可以推出二代測(cè)序數(shù)據(jù)...
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從零開始完整學(xué)習(xí)全基因組測(cè)序（WGS）數(shù)據(jù)分析：第2節(jié) FASTA和FASTQ在WGS數(shù)據(jù)的分析過程中，我們會(huì)接觸到許多生物信息學(xué)/基因組學(xué)領(lǐng)域所特有的數(shù)據(jù)文件和它們特殊的格式，在這一節(jié)中將要介紹的FASTA和FASTQ便...
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基因組序列分析中，序列一致性指的是什么？何謂序列一致性（Sequence identity）？我想大家或多或少應(yīng)該知道，它指的是兩個(gè)不同序列之間的相似程度，這是對(duì)序列比對(duì)結(jié)果的一個(gè)描述...
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全基因組分析實(shí)踐（參考：堿基礦工）參考：堿基礦工從零開始完整學(xué)習(xí)全基因組測(cè)序數(shù)據(jù)分析：第4節(jié) 構(gòu)建WGS主流程GATK4.0和全基因組數(shù)據(jù)分析實(shí)踐（上） 前言 由于人類基因組數(shù)據(jù)...
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如何下載文章提供的測(cè)序數(shù)據(jù)導(dǎo)讀 平時(shí)看文章，特別是組學(xué)文章，作者在文末都會(huì)提供其研究材料中高通量測(cè)序數(shù)據(jù)的下載鏈接，如果平時(shí)想練手的話，下載這些數(shù)據(jù)是最好不過了，下面我就...
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【陪你學(xué)·生信】二、一些你肯定會(huì)用到的生信工具和基本操作
今天的推送仍然是簡(jiǎn)單介紹。 【陪你學(xué)·生信】序 【陪你學(xué)·生信】一、生信能幫我們做什么 一、學(xué)會(huì)用PubMed/NCBI等搜索數(shù)據(jù)庫 通過名字了...
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高通量測(cè)序數(shù)據(jù)處理學(xué)習(xí)記錄（零）：NGS分析如何選擇合適的參考基因組和注釋文件前言 現(xiàn)有比對(duì)工具在做mapping之前，都需要下載對(duì)應(yīng)物種的參考基因組做index，而如何選擇合適的參考基因組是一件非常重要的事情。 現(xiàn)有的參...
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